Опыт кораблестроения в Вологде, к сожалению, провалился, а с ним затуманилась благодатная, рассчитанная на века идея вывести русского человека в открытое море и заодно перевести в этот тихий, спокойный, стремительно богатеющий город, не знающий князей и бояр, столицу сперва особного двора, потом, даст Бог, и всего Московского царства, случился же провал единственно оттого, что английская королева Елизавета, себе же во вред, отказалась дать ему в службу капитанов и мастеров, теперь заодно с новой столицей Иоанну, что ещё более тяжко, приходится отказаться и от благодатной, рассчитанной на века идеи, настроив вооружённых пушками кораблей, вывести русского человека в открытое море. Он уже использует наёмных пиратов на севере для обережения английских торговых судов, теперь для защиты нарвского порта он нанимает знаменитого морского разбойника Керстена Роде, в балтийских водах завязывается негласная, но нешуточная морская война, корабли отважного морехода однажды нападают на Данциг, датский флот пытается захватить капитана, чтобы без суда и следствия вздёрнуть на рею, однако Керстен Роде пока что остаётся неуловим.
Иоанн оскорблён, что его не ставят в известность о прекращении военных действий в Норвегии, как были должны поступить, по его представлениям, дружественные державы. Приблизительно в августе он отправляет в Стокгольм лёгкого гончика с грамоткой и в грамотке, не находя достойным церемониться с узурпатором, требует:
По его верным расчётам, ни крымский хан, ни шведский король не смогут выступить до зимы, скорей всего до весны, тем не менее он начинает готовиться заблаговременно к новому опустошительному нашествию, если набег не удастся остановить на Оке. Посадские люди ещё только начинают отстраиваться после пожара, и он воспрещает селиться в предместьях, послуживших западней для бестолково руководимого ополчения служилых людей, так что отныне подходы к Москве остаются открытыми, удобными для развёртывания конницы, пехоты и артиллерии в случае битвы, посадский люд его повелением селится только под защитой городских стен, а тяглые дома и дома обывателей не должны подниматься выше двух этажей, чтобы не давать много пищи прожорливому огню, заодно с той же целью по всему царству воспрещается топить летом избы, ставить повелевается летние печи по огородам и по дворам и только в этих отдалённых местах выпекать хлебы и калачи, такой же приказ отдаётся и москвичам.
Понятно, что его главнейшая забота о войске. На место выбывших служилых людей на те же поместья помещаются новые, большей частью старшие сыновья и зятья погибших в огне. Разрядный приказ назначает общий сбор земских полков. Иоанн осматривает их. Полки по-прежнему без десятков и сотен, по-прежнему маленькая или большая толпа вооружённых людей вокруг своего князя или боярина. Это нестройное сборище, как повелось, он отправляет стоять на южных украйнах до первого снега. У него под рукой остаются только опричники и конница служилых татар касимовского царевича Саип-Булата, окрещённого его доброй волей под именем Симеона.