На съезде был избран политический орган движения Военно-революционный совет (ВРС). Партийный состав ВРС был лево-социалистическим — 7 анархистов, 3 левых эсера и 2 большевика и один сочувствующий им. Махно был избран почетным членом ВРС. Таким образом, на контролируемой махновцами территории возникла самостоятельная система советской власти, автономная от центральной власти УССР. Это вызывало взаимное недоверие Махно и советского командования.
Махно приглашал в район действия бригады анархистов для пропаганды анархистских взглядов и культурно-просветительской работы. Из приезжих анархистов влияние на Махно имел старый товарищ П. А. Аршинов. В районе действия махновцев политическая свобода существовала для левых течений — большевиков, левых эсеров и анархистов. Махно принял присланного начдивом Дыбенко начальника штаба — левого эсера Я. В. Озерова и комиссаров-коммунистов. Они занимались пропагандой, но политической власти не имели.
Командующий Украинским фронтом В. Антонов-Овсеенко, посетивший район в мае 1919 г., докладывал: «Налаживаются детские коммуны, школы, — Гуляйполе — один из самых культурных центров Новороссии — здесь три средних учебных заведения и т. д. Усилиями Махно открыто десять госпиталей для раненых, организована мастерская, чинящая орудия и выделываются замки к орудиям».
Коммунисты терпели откровенно антибольшевистский характер выступлений махновцев, пока махновцы наступали. Но в апреле фронт стабилизировался, борьба с деникинцами шла с переменным успехом. Большевиками был взят курс на ликвидацию особого положения махновского района. Тяжелые бои и перебои в снабжении все более выматывали махновцев.
10 апреля III районный съезд крестьян, рабочих и повстанцев в Гуляйполе принял решения, направленные против военно-коммунистической политики РКП (б). Начдив Дыбенко ответил телеграммой: «Всякие съезды, созванные от имени распущенного согласно моему приказу военно-революционного штаба, считаются явно контрреволюционными, и организаторы таковых будут подвергнуты самым репрессивным мерам вплоть до объявления вне закона». Съезд ответил комдиву резкой отповедью, что еще сильнее скомпрометировало Махно в глазах командования.
15 апреля 1919 г. член РВС Южфронта Г. Я. Сокольников с согласия части членов РВС Укрфронта поставил перед председателем РВС республики Л. Д. Троцким вопрос об устранении Махно от командования.
25 апреля в харьковских «Известиях» появилась статья «Долой махновщину», в которой говорилось: «Повстанческое движение крестьянства случайно попало под руководство Махно и его „Военно-революционного штаба“, в котором нашли себе пристанище и бесшабашно анархистские, и белолевоэсеровские, и другие остатки „бывших“ революционных партий, которые разложились. Попав под руководство таких элементов, движение значительно утратило силу, успехи, связанные с его подъемом, не могли быть закреплены анархичностью действий… Безобразиям, которые происходят в „царстве“ Махно, нужно положить конец». Эта статья возмутила Махно и вызвала опасение, что является прелюдией к нападению со стороны большевиков. 29 апреля он приказал задержать часть комиссаров, решив, что большевики готовят нападение на махновцев: «Пусть и большевики у нас посидят, как сидят в казематах Чека наши».
Конфликт был разрешен во время переговоров Махно и командующего Украинским фронтом В. А. Антонова-Овсеенко. Махно даже осудил наиболее резкие положения резолюций съезда советов района, обещал препятствовать выборности комсостава, которого (видимо, ввиду заразительности примера) так опасались в соседних частях РККА. Тем более что командиры уже были выбраны и менять их в это время никто не собирался.
Но, пойдя на некоторые уступки, батька выдвинул новую, принципиально важную идею, которая могла бы примерить две стратегии революции: «До решительной победы над белыми должен быть установлен революционный фронт, и он (Махно. — А. Ш.) стремится не допускать междоусобиц между различными элементами этого революционного фронта».
1 мая бригада была выведена из подчинения дивизии П. Е. Дыбенко и подчинена формирующейся 7-й дивизии 2-й Украинской армии, которая так и не стала реальным формированием. Фактически не только 7-я дивизия, но и вся 2-я армия состояли из бригады Махно и нескольких полков, значительно уступавших ей по численности.