Предварительное следствие во Владивостоке, девятимесячное положение подследственного наложили на Павлушу печать угрюмой замкнутости. Павлуша сторонился прежних знакомых, и в Петербург совсем не ездил. Если и прежде весь строй его характера держался на ироничной сдержанности, но тогда она была приправлена небрежным изяществом аристократизма, то теперь черты его красивого лица изломали следы скрытой муки. Он исправно выполнял все обязанности службы, но стал избегать общества и отстал от всех привычек, присущих обычно молодым офицерам флота. Причиной тому было, конечно же, не сокращение денежного довольствия до тридцати двух рублей, которое он сносил как заслуженную кару, стыдясь просить денег из Соловьёвки, а то клеймо позора, которое казалось ему несмываемым. В октябре, когда японцы ослабили режим содержания военнопленных и офицеров перевели из Осаки в Киото, введя «право свободной прогулки», в «Miako Hotel» он столкнулся с офицерами «Сисоя Великого», спасёнными японцами – лейтенантом Витгефтом и мичманом Тарасенко-Отрешковым. Витгефт и Отрешков были чрезвычайно злы на Небогатова за сдачу. Витгефт тогда сказал: «Если бы не было этой сдачи японцам, мы хотя бы могли думать, что при Цусиме следовали примеру Леонида в Термопилах и, может быть, вошли бы в Историю как герои. А теперь мы никто, просто побеждённые».
Мнения этого держались многие офицеры, спасшиеся с потопленных судов. Когда они освободились из лагерей военнопленных и вернулись на родину, их приезд в Россию прошел почти незамеченным. Они рассчитывали, что за свою выдержку и отвагу их будут принимать как героев, но ничего этого не было.
Павлуша чувствовал себя причиной этого позора. "Так, не ошиблись вы: три клада в сей жизни были мне отрада. И первый клад мой честь была, клад этот пытка отняла…" С какой-то отстранённостью повторял он про себя этот стихотворный монолог Кочубея из пушкинской "Полтавы", которую их с Сергеем Леонидовичем по какой-то одному ему ведомой причине отец особенно отличал и настоял на том, чтобы дети знали её на память.
В ожидании суда он прочитывал всё, что появлялось в печати о Цусимском сражении. "Новое время" напечатало несколько писем к отцу с похода лейтенанта Вырубова, погибшего на флагманском броненосце "Князь Суворов", ещё писали иностранцы, американский моряк лейтенант Уайт, который закончил своё описание боя словами: "Адмирал Небогатов приказал поднять флаг, возвещающий о сдаче. Может ли кто назвать такой поступок неразумным?" Писали и японцы: "Что мог сделать адмирал Небогатов? – спрашивали они. – Русские суда были лишены боевой силы, команды их были истомлены, они не знали, что сталось с их товарищами, и вот в такую-то минуту перед ними вдруг показался флагманский корабль адмирала Того во главе 27-ми вымпелов. Что оставалось делать в виду таких условий, как не сдаться? Никто не должен впадать в ошибку и думать, что русские офицеры могли сдаться при обыкновенных условиях". Сам адмирал Того заявил, что "неприятельский флот по качествам оказался не многим ниже нашего, сражались русские с энергией, и если при таких условиях победили японцы, то это объясняется высокими добродетелями японского императора и тем, что их предки им невидимо помогали".
Эти слова, конечно, примиряли сознание с тем, что случилось и что поправить было уже нельзя, но их успокоительной силы хватало ненадолго, тем более, что витала и противоположная точка зрения. "Ничто, – заметил корреспондент газеты "Times", – не могло бы заставить какого-нибудь японского адмирала сдать при подобных обстоятельствах свои корабли". Преподаватель военной академии в Берлине Иммануэль, книга которого была издана в русском переводе Березовским, прямо называл поступок Небогатова позорным. Известный Дзен в своем труде "Heresies of sea power" писал, что "победить или умереть – фраза мелодраматическая, но вождь, жалеющий победить, должен быть готов и погибнуть".