Вечером 11 марта 1801 года Кутузов присутствовал в Михайловском замке на последнем ужине императора Павла I. Той же ночью государь был убит.
Павел погиб, а его сын вступил на престол под именем Александра I. Естественно, новому императору как человеку не чуждому сентиментальности присутствие при дворе Палена постоянно должно было напоминать о том, какой именно ценой он добился власти. К тому же монарх не мог до конца доверять человеку, уже однажды возглавившему заговор. 18 июня 1801 года Пётр Алексеевич был снят с поста генерал-губернатора и отправлен в отставку. Место его занял Кутузов.
Царским рескриптом за Михаилом Илларионовичем сохранялись все полномочия его предшественника, включая командование размещёнными в столице войсками и руководство полицией. Последующие рескрипты поручали ему „управление в здешней губернии гражданской частью“, а также управление „гражданской частью в Выборгской губернии“.
С учётом того, что за Михаилом Илларионовичем сохранялась должность инспектора войск Финляндской инспекции, фактически в его руках сосредоточилась вся военная и гражданская власть в столице, столичной губернии и Карелии. Вероятно, столь ответственному назначению он был обязан протекции тогдашней фаворитки государя — Марии Антоновны Нарышкиной.
Большую часть времени у Кутузова занимали петербургские дела. Его рабочий день начинался, как правило, в восемь утра в канцелярии, располагавшейся на Мойке между Красным и Синим мостами (на участке между нынешними Гороховой улицей и Исаакиевской площадью). Дважды в день, утром и вечером, Кутузов делал царю доклады о положении в столице.
При Михаиле Илларионовиче круг градоначальнических обязанностей существенно не изменился — поддержание порядка, приём рекрутов для пополнения гарнизона, проведение парадов, смотров и инспекций, караульная служба, хозяйственная жизнь, разбор жалоб, надзор за полицией.
Почти сразу по вступлении в должность новый генерал-губернатор принял меры к улучшению уличного освещения, а также борьбе с азартными играми, разбойничеством и бродяжничеством. Впрочем, суровое царствование Павла I было ещё слишком свежо в памяти, и криминальная обстановка в городе не внушала серьёзных опасений.