Более того, Торквемада даже позволил себе судить за ересь самих епископов, которые, по определению Хуана Антонио Льоренте, «в делах веры являются законными и компетентными судьями по божественному праву, и никто, даже папа, не может отнять у них того, что они получили от Святого Духа».
Тем не менее Торквемада первым подал пример привлечения к суду епископов. Не довольствуясь получением от Сикста IV бреве от 25 мая 1483 года, запрещавшего епископам, происходившим от еврейских предков, браться за расследование дел инквизиции, он решил привлечь к суду двух епископов.
Его жертвами стали дон Хуан Ариас де Авила, епископ Сеговии, и дон Педро де Аранда, епископ Калахорры. Торквемада известил о своем решении папу, который написал ему 25 сентября 1487 года, что один из его предшественников, Бонифаций VIII, запретил прежним инквизиторам судить епископов, архиепископов и кардиналов. А посему он посоветовал Торквемаде сообразовываться в своих действиях с этим законом.
Но Торквемада все равно начал тайно следить за епископами. Ему несвойственно было уклоняться от своих обязанностей. Всегда, в любом деле, он любил изучить все до мелочей, каждую деталь, лично следил за разбором дела, за допросами и показаниями, и все для того, чтобы составить себе твердое представление и принять в соответствии с ним непреклонное окончательное решение. Именно поэтому Торквемада распорядился вести слежку.
Папа со своей стороны с радостью увидел, что рождается благоприятный предлог для того, чтобы вмешаться в испанские дела. И он послал в королевство Изабеллы и Фердинанда своего чрезвычайного нунция (посланника) Антонио Паллавичини, епископа Турне, достигшего затем звания кардинала.
Прибыв в Испанию, Антонио Паллавичини получил информацию и соединил ее с имевшейся в руках у Торквемады. После этого он вернулся в Рим, где шел процесс двух епископов, которых папа вызвал туда для предъявления обвинения, и они должны были предпринять защиту.
Дон Хуан Ариас де Авила был сыном Диего Ариаса де Авила, еврея по происхождению, который крестился после одной из проповедей знаменитого богослова и проповедника Висенте Феррера, умершего в 1419 году. После этого он стал главным счетоводом (
По словам Хуана Антонио Льоренте, «все это нисколько не импонировало Торквемаде».
По приказу генерального инквизитора были произведены дознания, из которых можно было заключить, что Диего Ариас де Авила умер в ереси иудаизма. Цель Торквемады состояла в осуждении его памяти, в конфискации имущества, в извлечении из могилы останков и в сожжении их вместе с его изображением.
Так как в подобных делах вызываются на суд дети покойного, дон Хуан Ариас де Авила был обязан явиться для защиты своего отца и себя. В 1490 году он отправился в Рим, несмотря на свой преклонный возраст, после тридцатилетнего служения на епископской кафедре Сеговии. Он был очень хорошо принят папой Александром VI, который в 1494 году даже избрал его для сопровождения своего племянника, кардинала Монреальского, в Неаполь, куда тот отправлялся для коронации короля Фердинанда II. Дон Хуан Ариас де Авила вернулся в Рим и умер там 28 октября 1497 года, оправдав память своего отца и не дав возможности Торквемаде произвести покушение на его собственную свободу.
Дон Педро де Аранда, епископ Калахорры, не был так счастлив. Он приходился сыном Гонсало Алонсо, еврею, крестившемуся во времена все того же знаменитого Висенте Феррера. Гонсало Алонсо имел удовольствие видеть назначение епископами двоих своих сыновей. Его второй сын стал епископом Бургоса, потом архиепископом Монреаля на Сицилии, а Педро де Аранда был назначен епископом Калахорры в 1478 году.
И все-таки в 1488 году он явился предметом тайного следствия, руководимого Торквемадой, целью которого было доказать, что Гонсало Алонсо умер иудействующим еретиком.
Хуан Антонио Льоренте по этому поводу пишет: «Достаточно было, чтобы какой-либо обращенный еврей умер богатым и счастливым — тотчас пытались породить сомнения в его правоверности. Зложелательство по отношению к потомкам евреев было так же велико, как и стремление их преследовать и обогащать государственную казну их достоянием».
Леонар Галлуа в «Краткой истории инквизиции в Испании» развивает эту мысль: «Достаточно было, чтобы какой-то обращенный еврей оставил после себя богатство, как тут же инквизиция начинала использовать все возможные средства, чтобы доказать, что он был иудеем-еретиком, чтобы опозорить его память, конфисковать его имущество, эксгумировать его останки, чтобы придать их костру, а также лишить его детей всех отличий. Такова была цель Торквемады в отношении этих двух прелатов».