Страстной пропагандой науки отмечен весь творческий путь Пейна. В начале этого пути, в 1782 г., он писал аббату Рейналю: «Наука — благотворная покровительница всех стран, не приверженная к какой-либо отдельной стране, свободно открыла храм, где все могут встречаться. Ее влияние на дух подобно влиянию солнца на холодную землю, которая долго подготавливается для более высокой культивации и дальнейшего улучшения» (17, т. II, стр. 241). В «Веке разума» научное знание противопоставляется невежеству и лживым проповедям религиозных ретроградов: действительное «образование состоит… в знании вещей» (18, стр. 272); Эвклидовы «Начала геометрии», книгу, содержащую «самоочевидные доказательства, совершенно независимые от ее авторства и всего, что связано со временем, местом и обстоятельствами ее написания» (18, стр. 299–300), Пейн предпочитает так называемым священным книгам. Отстаивая науку, Пейн придает в ней первостепенное значение фактам, которые «могущественнее аргументов».
Как борец за науку Пейн не приемлет россказни о чудесах, о чем-то противоестественном. Он решительно выступает против тайны и чуда — этих специфических атрибутов всякой религии. «Тайна — противник истины. Туман человеческих выдумок — вот что затемняет истину, представляет ее в искаженном виде. Истина никогда не покрывает себя тайной, и тайна, в которую она иногда бывает закутана, — дело ее противника, но не ее самой». Тайна «служит тому, чтобы смутить разум», а чудо — чтобы «сбить с толку чувства. Первое — тарабарщина, второе — ловкость рук» (18, стр. 287–288).
Стихийноматериалистические взгляды Пейна не получили у него глубокой разработки. Философские проблемы, как таковые, не явились объектом специального изучения Пейна, и ими он занимался лишь в связи с критикой распространенных религиозных взглядов. Отсутствие необходимой философской подготовки не могло не сказаться на его позиции, ослабляя ее. Философии Пейна свойственны непоследовательность, отступления от материализма. Механический, метафизический подход объясняет, почему Пейну не удалось вырваться из плена деизма. Отстаивая в конце XVIII в. уже устаревшую ньютоновскую идею о первотолчке, он в этом отношении уступал Толанду, Гольбаху и другим материалистам XVIII в., которые задолго до «Века разума» преодолели деистические представления о боге как первопричине.
В январе 1797 г. на собрании, посвященном открытию «Общества теофилантропистов» в Париже, Пейн в своей речи «О существовании бога» подробно излагает свои представления о первотолчке. Приведя известные по «Веку разума» утверждения о природе как творении бога, о том, что бог познаваем только через это творение, через природу, Пейн переходит к вопросу о роли божества в мироздании. Ход рассуждений его таков. Вселенная материальна. Как система, она поддерживается движением. Это движение, без которого Вселенная, и в частности солнечная система, не могла бы существовать, «не есть