Все эти ребяческие и инквизиторские приемы возбудили у Иванова сомнение в самом существовании комитета и в столь прославленном могуществе этой организации. Он начал догадываться, что все сводится к нелепой эксплуатации людей и является грандиозным обманом; он признавался своим близким друзьям, что если дело не сдвинется и все ограничится этими нелепостями, то он порвет с Нечаевым и сам создаст серьезную организацию.
Тогда-то Нечаев и прибегнул к решительной мере. Он велел расклеить свои прокламации в студенческих столовых. Иванов понимал, что расклеивание прокламаций приведет к закрытию столовых, к запрещению собраний и к разгону лучших студентов. Поэтому он воспротивился этому (на деле так и случилось: студенческая столовая была закрыта, а все уполномоченные, ведавшие ею, были высланы). По этому поводу завязался спор, причем Нечаев повторял свою стереотипную фразу: «таков приказ комитета!».
Иванов был в полном отчаянии. 20 ноября 1869 г. он является к одному из членов секции, Прыжову, и заявляет ему, что выходит из общества. Прыжов передает об этом Успенскому, а тот, в свою очередь, спешит сообщить об этом Нечаеву, и через несколько часов все трое собираются у Кузнецова, где жил также и Николаев. Там Нечаев заявляет, что следует наказать Иванова, восстающего против распоряжений комитета, и что нужно избавиться от него, чтобы лишить его возможности дальше вредить. Так как Кузнецов, близкий друг Иванова, по-видимому, не понял, к чему клонит Нечаев, то последний заявил, что Иванова необходимо убить. Прыжов, обращаясь к Кузнецову, воскликнул: Нечаев с ума сошел, он хочет убить Иванова, нужно помешать этому. Нечаев положил конец их колебаниям своей обычной фразой: «Вы тоже хотите восстать против приказов комитета? Если его нельзя убить иначе, то мы с Николаевым пойдем сегодня ночью к нему в комнату и там его задушим». Затем он предложил заманить Иванова ночью в грот, находящийся в парке Академии, якобы для того, чтобы отрыть давно спрятанную там типографию, и умертвить его.
Таким образом, даже в этот решительный момент Нечаев сам отдавал должное преданности Иванова. Он был уверен. что, несмотря на свой выход из общества, Иванов придет помочь вырыть типографию и что он не способен его выдать, ибо если бы он хотел это сделать, то сделал бы до выхода из общества или сразу после этого. Если Иванов хотел выдать Нечаева полиции, то ему представлялся теперь случай захватить его на месте преступления. Но как раз наоборот: Иванов был счастлив получить, наконец, положительное доказательство существования этой организации, ощутимый признак того, что она располагает какими-то реальными средствами, будь то хотя бы типографский шрифт. Позабыв обо всех угрозах Нечаева по адресу отступников, он поспешил оставить друга, с которым пил чай и к которому Николаев пришел за ним по приказу Нечаева, и отправился на его зов.
В ночной темноте Иванов, ничего не подозревая, приближается к гроту. Вдруг раздается крик; кто-то набрасывается на него сзади. Завязывается страшная борьба; слышны только рычание Нечаева и стоны его жертвы, которую он душит своими руками; затем раздается выстрел, и Иванов падает мертвым. Пуля из револьвера Нечаева пробила ему голову. «Скорей веревок, камней», — кричит Нечаев, обыскивая карманы трупа, чтобы забрать его бумаги и деньги. Затем его бросают в пруд.
Вернувшись к Кузнецову, убийцы приняли меры, чтобы скрыть следы своего преступления. Они сожгли окровавленную рубашку Нечаева. Соучастники преступления были мрачны и подавлены. Вдруг раздается второй выстрел, и пуля пролетает около самого уха Прыжова. Нечаев извинился, говоря, что «он хотел объяснить Николаеву устройство револьвера». Свидетели единогласно заявляют, что это было новое покушение. Нечаев хотел убить Прыжова за то, что тот утром посмел возражать против убийства Иванова.