Однажды Нечаев приказал передать комитету деньги, предназначенные для студенческой кассы взаимопомощи. Иванов запротестовал, и между ними произошла ссора. Другие товарищи уговаривали Иванова подчиниться решению комитета, раз уж они признали устав, обязывавший их повиноваться. Иванов уступил их настояниям и нехотя подчинился. С этого момента Нечаев начал обдумывать план, как отделаться от этого человека, которого он, по-видимому, считал революционером-доктринером, заслуживающим смерти. Он стал вести с Успенским теоретические разговоры на тему о наказании и об истреблении неверных членов, которые своим неподчинением могут скомпрометировать и погубить всю огромную тайную организацию.
Нечаев так вел дела своего тайного общества, что естественно возникало сомнение в серьезности всей организации. Секции обязаны были регулярно собираться, чтобы рассматривать академические списки всех студентов и отмечать тех из них, которых следовало привлечь, а также для того, чтобы изыскать способы, как раздобыть денег. Одним из таких способов были подписные листы в пользу «пострадавших студентов», то есть административно высланных; собранные таким образом деньги шли прямо в карман комитета — Нечаева. От секций потребовали, чтобы они доставили различного рода одежду, которая хранилась в надежном месте и послужила для переодевания Нечаева во время его побега. Но главное занятие состояло в переписывании «Песни о смерти» и цитированных выше прокламаций. Участники заговора должны были как можно точнее записывать все, что говорилось на их собраниях, и Нечаев угрожал им комитетом, повсюду имевшим своих шпионов, чтобы они не смели что-нибудь скрыть. Каждый должен был приносить в кружок письменные отчеты обо всем, что он делал в промежутке между собраниями. Из этих отчетов должен был составляться отчетный доклад, предназначенный для посылки Бакунину.