В 1902 году Короленко выступает с протестом против отмены выборов Горького в члены Академии наук. Как почетный академик по разряду изящной словесности Короленко принимал участие в избрании Горького, однако выборы были отменены по указанию царя Николая. В газете появилось сообщение об их отмене, причем объявлялось это от имени Академии наук. Получалось, что сами академики, в числе которых был и Короленко, отменяли решение без какого-либо обсуждения на заседании Академии. Такая ложь не могла не оскорбить писателя. «Мне кажется, — писал он А. Н. Веселовскому, — что, участвуя в выборах, я имел право быть приглашенным также к обсуждению вопроса об их отмене, если эта отмена должна быть произведена от имени Академии. Тогда я имел бы возможность осуществить свое неотъемлемое право на заявление особого к этому предмету мнения». В апреле 1902 года Короленко приезжает в Петербург специально для того, чтобы добиться гласного обсуждения вопроса об отмене выборов Горького, и, испробовав все средства, которыми он располагал, 25 июля 1902 года подал заявление об уходе из Академии наук. В этом заявлении Короленко писал: «Ввиду всего изложенного, то есть, что оглашенным от имени Академии объявлением затронут вопрос, очень существенный для русской литературы и жизни; что ему придан характер коллективного акта; что моя совесть, как писателя, не может примириться с молчаливым признанием принадлежности мне взгляда, противоположного моему действительному убеждению; что, наконец, я не нахожу выхода из этого положения в пределах деятельности Академии, — я вижу себя вынужденным сложить с себя нравственную ответственность за „объявление“, оглашенное от имени Академии, в единственной доступной мне форме, то есть вместе с званием почетного академика».
Выступление Короленко с протестом против исключения Горького из состава почетных академиков, его открытая борьба с бесцеремонным произволом властей, отменивших избрание всенародно признанного писателя, наконец, его заявление и демонстративный уход из Академии наук — все это свидетельствует о том, как глубоко понимал Короленко общественную роль А. М. Горького, значение его как художника.
Подобное заявление подал и А. П. Чехов, к которому Короленко в мае 1902 года ездил в Ялту для обсуждения вопроса о совместных действиях в связи с репрессиями против Горького.
С 1899 по 1904 год появляются рассказы Короленко: «Марусина заимка», «Смиренные», «Мороз», «Огоньки», «Государевы ямщики», «Не страшное», «Мгновение», «Феодалы» и другие. В эти годы Короленко снова возвращается к сибирской теме и создает целый ряд значительных художественных характеристик. По сравнению с первым циклом сибирских рассказов, где внимание писателя было сосредоточено преимущественно на какой-либо одной стороне характера героя, в этих своих произведениях Короленко делает дальнейший шаг на пути реалистического изображения действительности. Во втором цикле сибирских рассказов расширяется диапазон драматического конфликта, образ получает более всестороннее и глубокое освещение. Прославление активного отношения к жизни, призыв к борьбе с социальным гнетом, феодальными репрессиями и полицейским произволом составляют основное содержание и других произведений этого периода деятельности Короленко.
В рассказе «Смиренные» Короленко взволнованно пишет о жизни деревни, в которой могут быть такие факты, как «человек на цепи». Здесь разоблачается обывательское благодушие, общественный индиферентизм, мещанское смирение. С еще большей остротой эта тема развита в рассказе «Не страшное». Герой рассказа Будников, в прошлом человек «с идеями», радикал, превращается в стяжателя. Он отходит от общественных задач, душа его «выдохлась и опустела»; по мысли автора, страшное — в «не страшном», в терпимом отношении к обывательским формам быта, делающим самое существование человека бессмысленным и мерзким. «Да, есть, — пишет Короленко, — в этом обыденном, в этой смиренной и спокойной на вид жизни благодатных уголков свой ужас… специфический, так сказать, не сразу заметный, серый… Где тут, собственно, злодеи, где жертвы, где правая сторона, где неправая?.. И так хочется, чтобы проник в этот туман хоть луч правды живой». «Не страшное» по силе разоблачения буржуазной интеллигенции, яркости типов, по мастерству сюжета может быть отнесен к числу лучших рассказов Короленко. Напечатанный в 1903 году, рассказ говорил о приближении бури, без которой невозможно дальнейшее развитие общества.
В произведениях, появившихся перед революцией 1905 года, Короленко рисует тяжелую жизнь людей подневольного труда, обличает полицейский произвол и крепостнический режим самодержавного строя. Знаменательно при этом, что писатель-гуманист, рассказывая о тяжелой жизни народа, неизменно продолжает верить в его победу.