И Ямана, и Хосокава понимали, что их долгожданный конфликт созрел, и собрали все бывшие в их распоряжении силы. Вскоре стало ясно, что полем битвы будет сам город: обе стороны присматривали подходящие для ставки дома, изучали стратегические особенности северных улиц.
В этот момент Асикага Ёсимаса осознал всю опасность ситуации и сделал предупреждение обоим военачальникам: тот из них, кто нанесет первый удар, будет объявлен мятежником со всеми вытекающими отсюда последствиями. Это была не пустая угроза, поскольку тот клан, который объявлялся мятежным, мог легко потерять всех союзников, а любому авантюристу это давало хороший предлог напасть на его владения.
В начале эпохи Онин в городе чувствовалось напряжение. Самураи стали собираться вокруг соперничавших домов, горожане храбро делали вид, что все идет как прежде. В феврале 1467 г. Хосокава получил известие, что Оути, магнат из западных провинций, идет на Киото с армией предположительно в 20 000 человек, чтобы поддержать Ямана. В конце месяца дом одного из военачальников Хосокава таинственным образом сгорел. В апреле самураи Хосокава атаковали отряд Ямана, который сопровождал груз риса для столицы. Кризис стал неизбежен, и все горожане, которые могли бежать, стали покидать город. Младшие члены императорской семьи для безопасности были отправлены на юг, а дворцовая стража была удвоена, как только пошли слухи о грозящем нападении. В доме Хосокава со стен были сняты раздвижные двери и прозрачные ширмы, которые заменили деревянными ставнями, для защиты от огня обмазанными глиной. Самураи Хосокава, которыми командовал приемный сын Кацумото, расположились в саду, где высокие стены скрывали их от взоров противника.
Военные действия начались в конце мая, когда Хосокава атаковал дом Иссики, одного из военачальников Ямана, который стоял напротив Дворца Цветов, на противоположной стороне улицы Муромати. Сражение продолжалось несколько дней, сам ход его уже мог дать некоторое представление о будущих разрушениях. За схватками последовали грабежи и поджоги, и вскоре весь квартал, где стоял дом Иссики, был обращен в пепел. Подобные вылазки и атаки продолжались в течение следующего месяца, самурайская доблесть расцветала среди руин прекрасного города. Один воин написал Хосокава проникновенное послание после одного особо тяжелого дня битвы.
«Мы устали, — писал он. — Не могли бы вы прислать мне бочонок сакэ? Я разделю его с Масанага, а затем мы вместе совершим харакири».
Неизвестный самурай, несмотря на отчаяние, еще продолжал думать о товарищах и завершил послание просьбой доставить дополнительный запас стрел, поскольку в то утро среди их оруженосцев, подносивших стрелы, «были потери».
К началу июля значительная часть северного Киото была обращена в руины и пепел. Поперек улиц воздвигались баррикады, и по мере того как исчезали дома, линии обороны усиливались рвами — особенно поперек Итидзё (первой главной улицы), где обе стороны выкопали рвы друг против друга. Передовые линии обеих армий стали выравниваться. Укрепления Ямана сосредоточились к западу от Муромати, приблизительно ограничиваясь улицами Ицусудзи и Омия. Их основной лагерь находился между Ицусудзи и Имадэгава, в районе, который по сей день носит имя Нисидзин (западный лагерь). Хосокава пришлось довольствоваться меньшей территорией к востоку от Муромати и к северу от Имадэгава, где находился Дворец Цветов Асикага и большой дзэн-буддийский монастырь Сёкокудзи. Там же была расположена одна из резиденций Хосокава. Другая же, на Итидзё,
давно была захвачена Ямана.
Единственным успехом Хосокава за этот месяц было то, что он убедил сёгуна провозгласить Ямана мятежником, несмотря на то, что первый удар в этой войне нанес сам Хосокава. Указ сёгуна, впрочем, не давал Хосокава полномочий для обуздания соперника. Ямана тем временем получил подкрепления. В сентябре подошел Оути Масахиро, и мятежный Красный Монах, воодушевленный приходом свежего войска, перешел в наступление. На западе коммуникации Хосокава уже были перерезаны, а 29 сентября Ямана начал блокировать его с юга, взяв штурмом императорский дворец и обратив его в пепел. Императора там не оказалось, поскольку Хосокава предвидел подобные действия со стороны Ямана и переселил его во Дворец Цветов.