Похоже, что оказанное японцами сопротивление стало большой неожиданностью для монгольских предводителей, которые к тому же знали, что к японцам в любой момент может прийти подкрепление. У них подходил к концу запас стрел — они рассчитывали исключительно на «молниеносную войну», стрел не жалели и выпускали их плотными тучами. Они опасались также возможной ночной атаки со стороны японцев, во время которой на местности, хорошо тем знакомой, их примитивная тактика дала бы им преимущество. Поэтому монголы начали тактическую эвакуацию, и, чтобы прикрыть посадку войск на корабли, были подожжены великое святилище Хакодзаки и несколько прибрежных деревень. Засевшие в траншеях японцы видели красное от пламени небо, смотрели, как горят «святилища их богов».
Пожар продолжался недолго, ибо в ту ночь поднялся сильный ветер и принес с собой ливень. Буря застигла монгольский флот в тот момент, когда он покидал бухту, и разметала корабли. Волны разбили те, что успели выйти в открытое море, а один был выброшен на отмель Сига на выходе из бухты Хаката. Корейские хроники сообщают, что потери в этой экспедиции составили 13 000 человек и что многие из них утонули. Так закончилось первое вторжение.
Между 1274 и 1281 гг. монголы были слишком заняты завоеванием южного Китая, чтобы думать о завершении своих планов захвата Японии. Так как японцы были в курсе событий на континенте и предвидели еще одно нападение, сёгунат использовал это время для организации обороны. Вдоль берега бухты Хаката была воздвигнута каменная стена. В длину она была около двадцати пяти миль и около пяти метров высотой. С внутренней стороны она была наклонной, так, чтобы на нее можно было въехать верхом, а другая сторона, обращенная к морю, — отвесной. Можно, конечно, было бы и лучше использовать средства и силы, затраченные на постройку стены, направив их, к примеру, на создание военно-морского флота или постройку транспортных судов, которые позволили бы перенести военные действия на территорию противника. Подобные предложения были, один самурай с Кюсю даже разработал план рейда на монгольскую территорию, но от них отказались под предлогом чрезмерных затрат, а дополнительные военные приготовления свели к постройке небольших, но простых в управлении судов, которые можно было эффективно использовать в прибрежных водах.
Были разработаны планы для проведения быстрой и крупномасштабной мобилизации, как только начнется второе вторжение. Четырем самым западным провинциям Кюсю была поручена защита морского побережья непосредственно в пределах их территорий. На Кюсю были созданы отряды береговой охраны, а на случай внезапной атаки на Кокурикудо там тоже провели мобилизацию. Были приняты меры к тому, чтобы каждый, получивший приказ о мобилизации, его выполнил.
К 1279 г. монгольское завоевание Китая практически завершилось, и в распоряжение Хубилая перешел значительный морской флот южного Китая. От Кореи опять потребовали подготовить дополнительные суда и войско, и она действительно предоставила 900 кораблей, 10 000 корейских солдат и 17 000 моряков. Эти силы были сосредоточены в Айура в Корее, и к ним присоединилось 15 000 китайцев и монголов. Это был авангард армии вторжения, за которым должно было последовать огромное китайское войско в 100 000 человек и 60 000 моряков на 3 500 судах. Этот второй эшелон, получивший название армии «к югу от Янцзы», должен был ко 2 июля соединиться с восточной армией у острова Ики и сосредоточиться для совместной атаки на Кюсю.