Единственный самурай, в верности которого Томомори сомневался, был некий Тагути Сигэёси. Подозревая его в предательских замыслах, Томомори спросил у Мунэмори позволения на всякий случай его обезглавить. Но эта просьба была отвергнута, и поскольку сражение уже начиналось, Сигэёси позволили занять место в боевом порядке Тайра. В качестве меры предосторожности императора поместили на обычный корабль, а увешанный вымпелами флагман служил прикрытием. Суда, которые они использовали, были очень простыми. Никакого собственного вооружения они не имели и служили лишь в качестве плавучих платформ для самураев.
Минамото выстроили свои суда в линию, а Тайра разбились на три эскадры. Сражение началось между 6 и 8 часами утра 15 апреля 1185 г. напротив пляжа на Хонсю, известного как Дан-но-ура. Тайра воспользовались приливом, и течение понесло их суда на восток, на флот Минамото. Когда их передовые суда подошли на расстояние около 300 метров, завязалась перестрелка. Течение было несильным, и стрелки Тайра поразили многих противников. Казалось, сражение разворачивается так, как они хотели, и Томомори старался использовать это преимущество, насколько позволяли обстоятельства.
Около 11 часов два флота сблизились, и вокруг Ёсицунэ разгорелась жестокая схватка. Тайра Норицунэ едва не захватил его в плен, проложив себе путь на судно Ёсицунэ. Ёсицунэ спасся, перебравшись на другую лодку, а тем временем три самурая набросились на Норицунэ. Он столкнул одного за борт, а двух других обхватил руками и бросился в море. Два фактора, однако, существенно изменили ситуацию. Во-первых, изменилось направление приливного течения, и теперь преимущество было на стороне Минамото, которые со скоростью восьми узлов теснили Тайра к Данноура. Вторым фактором стала измена Тагути Сигэёси, который внезапно спустил красный флаг Тайра и покинул их строй, чтобы присоединиться к Ёсицунэ. Поднявшись на борт корабля Ёсицунэ, он раскрыл ему местопребывание императора, и тогда все силы Минамото были брошены против одного корабля.
Еще большее смятение среди Тайра вызвал отданный Ёсицунэ приказ лучникам сосредоточить огонь на гребцах и рулевых. Вскоре многие суда Тайра уже беспомощно дрейфовали по течению, Минамото обступили их со всех сторон, и Томомори понял, что все потеряно. Он взошел на борт судна, где находился малолетний император, чтобы сообщить, что сражение проиграно и единственным выходом остается самоубийство. Бабка императора, вдова Киёмори, взяла восьмилетнего государя за руку, и они медленно подошли к борту корабля. Здесь они вознесли молитвы Великой богине в Исэ и Будде и со словами: «Там на дне, под волнами, мы найдем другую столицу» бросились в волны. Тут началось самое трагическое массовое самоубийство в истории самураев. Мать императора бросилась в море вслед за ними, но ее выловил один из самураев Минамото, подцепив за волосы боевыми вилами. Жена Сигэхира тоже собиралась броситься в воду, но стрела пригвоздила край ее одежды к борту судна, заставив выронить шкатулку, которую она несла. Оказалось, что в ней находилось священное зеркало, одна из императорских регалий. Священный меч уже бросили в море. Тайра Норимори и Цунэмори тем временем привязали к своим доспехам по тяжелому якорю и бросились в море, взявшись за руки. Так же поступили другие члены семьи — Сукэмори, Аримори и Юкимори. Однако Мунэмори, слабый духом, стоял в нерешительности, пока один самурай, которому подобное поведение вождя показалось отвратительным, не столкнул его в воду. Мунэмори оказался хорошим пловцом и продержался на воде до тех пор, пока Минамото не взяли его в плен. Его мать высказалась по поводу его трусости, прежде чем броситься в воду с юным императором. Она якобы сказала даже, что Мунэмори — сын вовсе не прославленного Киёмори, а торговца зонтиками, который согласился отдать его в обмен на новорожденную девочку. Последним в тот день покончил с собой Тайра Томомори. Он бросился в море, облачившись в два комплекта доспехов.
О скорбный вид! Алые знамена, алые стяги, брошенные, изорванные, плавали в море, как багряные кленовые листья, что устилают воды реки Тацута, сорванные порывами бури. Алым цветом окрасились белопенные волны, набегающие на берег. Опустевшие судна, потерявшие кормчих, гонимые ветром, увлекаемые течением, качались на волнах и уносились в неведомые морские дали.