Гумбольдт не довел до конца дело, которому с таким успехом посвятил свои труды; по мало известным причинам в апреле 1810 года он получил увольнение от своих обязанностей и был назначен посланником в Вену. Некоторое время господствовал страх, как бы его отъезд не повредил успеху всего предприятия, но цель была уже почти достигнута и оставалось только идти по намеченной дороге. Факультеты были доведены до полного состава; к ординарным и экстраординарным профессорам присоединилось много приват-доцентов, по большей части из преподавателей столичных гимназий. Университетская Корпорация, члены которой начали знакомиться между собою и обсуждать сообща свои дела, была проникнута той истиной, что не только не следует мешать борьбе различных научных взглядов в стенах университета, но что ее в известных случаях необходимо даже вызывать: «иначе преподавание науки легко может превратиться для профессора в спокойное ремесленное занятие». Как ни велика была репутация Фихте, но одного его было недостаточен на философском факультете: желательно было противопоставить ему кого-нибудь из сторонников противоположных взглядов, чтобы наряду с идеализмом была представлена и натурфилософия. Шлейермахер предложил Стефенса, блестящего профессора из Галле, противника Фихте. По отзыву другого профессора, Стефенс был больше всех на свете способен «будить умственную деятельность молодых людей, вызывать в них энтузиазм к науке, поднимать их над уровнем повседневных интересов». Начались пререкание и тянулись почти два года. Тогда в дело вмешался департамент народного просвещения. Шукман подал королю доклад о необходимости пригласить второго профессора философии. «Я вовсе не берусь, — говорил он, — обсуждать систему Фихте, но всем известно, что она не имеет ничего общего ни с положительными науками, ни с практической жизнью. Все газеты и очень многие сочинения показывают, наоборот, что натурфилософия Шеллинга глубоко влияет на умы. Не мне оценивать эту систему, не мне решать вопрос, не представляет ли она собой чистый продукт воображения, произведение острого ума, играющего гипотезами; несомненно одно, что она проникла в положительные науки, что в этой области ею руководствуются исследователи и что без знакомства с ней ничего не поймешь в современных работах по медицине, физике и химии. А посему я полагаю, что необходимо пригласить профессора для преподавания этой системы». Вот образец поведения, которого должно держаться государство в ученых спорах: полная беспристрастность, внимательное исследование вопроса и решение его в чистых интересах науки.
К концу сентября 1810 г. все подготовительные работы были закончены. Три профессора, посланные своими товарищами, посетили старые университеты для того, чтобы позаимствоваться их долгим опытом, и по возвращении этих делегатов устав нового университета был утвержден. Факультеты выбрали себе деканов; ординарные профессора, образовавши академический сенат, назначили ректора. Шмалец первый облечен был этим званием, дававшим ему титул Magnificentia и право бывать при дворе. Были вырезаны печати для каждого факультета и для университета. 22 сентября королю был подан окончательный доклад и была издана программа лекции, где блистало так много имен знаменитых профессоров. 1 октября начался прием студентов. Общественное мнение Германии живо интересовалось первыми шагами великого учреждения. «Аугсбургская Газета» приветствовала «умственное возрождение государства, подвергшегося столь суровым испытаниям», и поздравляла Берлин от имени всех немецких патриотов, от Рейна до Дуная». Наконец, 10-го октября профессора принесли ректору присягу в том, «что они будут верными и покорными слугами короля и всецело посвятят себя университету», а затем состоялось открытие академического сената. К концу месяца почти все профессора начали свои лекции. На этот раз при открыли не было торжеств, какими 116 лет тому назад ознаменовалось основание университета в Галле; не было государя, окруженного министрами и двором, не было пушечной пальбы, бесконечных речей, процессии под триумфальными арками; народу не бросали медалей на память о событии; не было фонтанов, бивших вином. Учреждение университета в Галле подготовило возвышение прусского королевства; основание университета в Берлине подготовляло ею воскресение, но это воскресение было пока неверно и горизонт был покрыт тучами.