29 сентября Болгария вышла из войны и сразу же оказалась в глубочайшем кризисе. На трон сел царь Борис III, государство потеряло еще почти 19 тыс. кв. км. Погибло и было искалечено 101 тыс. человек. В нищую страну эмигрировали 50 тыс. русских белогвардейцев. Болгарии было запрещено иметь авиацию, боевые корабли и подводные лодки.
Трагично сложилась судьба учебного крейсера «Надежда». В 1918 г. его направили на ремонт в Севастополь. В декабре на нем вспыхнуло восстание моряков, не желавших участвовать в оккупации Крыма. Мятеж был подавлен силами франко-британской эскадры. Покидая Севастополь, «демократичные» европейцы разрушили двигатель корабля и украли все оборудование. Вступившая в город Красная Армия получила фактически лишь корпус. «Надежда» гнила у берега. Ни денег, ни желания ремонтировать старый корабль у молодой Республики Советов не имелось. В 1934 г. София обратилась с просьбой вернуть то, что осталось, но забирать было собственно нечего. От «Надежды» осталось 100-мм орудие, по счастью снятое в 1912 г. для вооружения береговой батареи в Варне. Сохранилась и 65-мм пушка, демонтированная перед отправкой крейсера в ремонт. Теперь оба орудия также стоят на открытой площадке музея. Кроме того, в числе экспонатов есть еще и 381-мм торпеда с «Надежды». Ее габариты заставили сотрудников музея прибегнуть к «хитрости» – торпеда установлена вертикально на лестничной клетке между 1-м и 2-м этажами.
Легендарному кораблю «Дерзкий» удалось избежать схожей участи. По настоянию победителей он был разоружен, а позднее зачислен в патрульные суда. В 1942 г. на его борту произошел взрыв, и миноносец пошел ко дну. Затем был поднят и восстановлен, служил источником пара для более крупных кораблей, включая переданный Советским Союзом эсминец проекта ЗОК «Георгий Димитров» (бывший «Озорной»). Только в 1956 г. народное правительство решило увековечить подвиг моряков в Первой Балканской войне и выделило средства на полную реконструкцию «Дерзкого». Интересно, что на открытии этого экспоната в качестве почетного гостя присутствовал бывший командир корабля Георги Купов и члены его экипажа.
Межвоенный период и участие Болгарии во Второй мировой войне в музее отражены крайне скупо. Во-первых, флот пришлось восстанавливать заново, так что в 1939 г. повторилась история 1914 г. – новые союзники-немцы были вынуждены ввозить технику сухопутным путем. А главное – гордиться Софии оказалось нечем: страна до сентября 1944 г. участвовала в войне на стороне гитлеровцев, что авторитета любому правительству не добавляет.
Несколько стендов, посвященных событиям 1939-1945 гг., свидетельствуют о том, куда завело страну правительство Богдана Филова. Однако по понятным причинам акцент делается на участие болгарского торгового флота в спасении евреев, перевезенных в Палестину морским путем. Действительно, пароходы «Малка», «Милица», «Рудничар», «Орлик» и другие доставили на Ближний Восток десятки тысяч спасающихся от «окончательного решения еврейского вопроса» Гитлером. Но не обошлось без трагедий. 3 декабря 1940 г. у Варны затонуло судно «Сальвадор», погибло 280 эмигрантов. 24 февраля 1942 г. транспорт «Струма» был торпедирован советской подводной лодкой в Мраморном море. Жертвой неограниченной подводной войны стали 774 человека.
15 августа 1941 г. у болгарского берега советская лодка Щ-211 потопила итальянский транспорт и вывела из строя румынский. 16 августа она безуспешно атаковала «Царя Фердинанда». Советский флот активно ставил мины, на которых подорвались, в частности, болгарские транспорты «Родина» и «Шипка». Черноморский флот и его ВВС активно минировали и устье Дуная, поставив 218 мин. Остальная часть реки находилась в зоне ответственности средиземноморской авиационной группировки ВВС Британии, которая поставила 1382 неконтактные донные мины.
Для борьбы с минной опасностью инженер Протасия Пампулов разработал проект катера-тральщика типа МЧК (пр.501). В мастерских флота было построено до августа 1944 г. шесть таких плавсредств. 25-тонный МЧК имел цельнометаллическую конструкцию. Первые катера оснащались 60-сильными двигателями «Мерседес-Бенц», а последующие – «Дойтц». Проект оказался удачным, и строительство этих кораблей продолжалось даже после войны, но уже с советскими дизелями ЗД6. Один из катеров ныне выставлен на наружной площадке музея.