Одной из главных задач, которую пришлось решать конструкторам, стало обеспечение защиты от стрелкового оружия и мин. В ходе разработки машин семейства «Тайфун-У» были рассмотрены и испытаны различные структуры бронирования, в том числе с использованием керамической брони. В результате на машинах принята комбинированная разнесенная защита моторного отсека, кабины и функциональных модулей, выполненная из современной броневой стали (по характеристикам она не уступает лучшим маркам немецкой и шведской брони) и керамических панелей. Такая структура бронирования обеспечивает возможность наращивания защиты до уровня боевых машин. Применение современных высокопрочных броневых сталей и технологий построения керамической защиты позволяет снизить массу бронеавтомобиля на 20-30% по сравнению с машиной с тем же уровнем защиты, но выполненной по использовавшимся ранее технологиям.
Унифицированные решения по противопульной и противоснарядной защите обеспечивают автомобилям семейства «Тайфун-У» уровень защищенности современных боевых машин: модульных в базовом исполнении – по 3 уровню STANAG, автомобилей с боевым модулем – по 4 уровню STANAG.
Большое внимание при проектировании «Тайфуна-У» уделили противоминной защите, характеристики которой возросли в 10 раз по сравнению с серийными автомобилями многоцелевого назначения и соответствуют 3-му уровню STANAG (8 кг ТНТ под колесом). Для этого были реализованы такие конструктивные мероприятия, как применение рациональных углов наклона броневых панелей и V-образного днища, вынос колес за периметр кабины и функционального модуля, многослойный пол, специальные антитравматические сиденья с фиксирующими подголовниками и 5-точечными ремнями безопасности, закрепленные на стенках корпуса, а также противоминные поддоны. При сложенных вдоль бортов корпуса сиденьях машину можно использовать для перевозки грузов.
Защищенность машин семейства «Тайфун-У» повышена также и за счет комплекса мер по снижению их заметности. С этой целью на них используются экранирование тепловыделяющих зон и продувка крыши мотоотсека набегающим потоком воздуха. Разработан комплект средств снижения заметности, включающий секции из материала «Накидка», маскировочные сети, резинотканевые радиопоглощающие экраны. Специалисты Автомобильного завода «Урал» предложили оригинальную конструкцию модуля управления (кабины) в защищенном сварном варианте – трехместный, с ровным горизонтальным полом, с высокой комфортабельностью для работы экипажа, с закладными элементами в каркасе для установки защиты.
На бронеавтомобиле Урал-63099 «Тайфун-У» впервые в отечественной практике применен однообъемный корпус с размещением десанта в кормовой части корпуса. В нем обеспечена возможность свободной работы, перемещения и эвакуации командира и экипажа, а также компоновки различных вариантов размещения экипажа и десанта, защиты и жизнеобеспечения личного состава, либо вооружения, средств управления и др.