Для удобства монтажа узлов и агрегатов крыша корпуса была съемной. Она состояла из отдельных броневых листов толщиной от 50 мм (в подбашенной зоне) до 105 мм (над отделением управления). Толщина брони подбашенного листа достигала 55 мм. Для защиты башни от заклинивания при снарядном обстреле на среднем листе надмоторной крыши приваривались треугольные отражательные косынки из брони толщиной 60 мм и высотой 250 мм. В остальных двух листах надмоторной крыши располагались броневые решетки воздухозаборника. В отличие от первого опытного образца, на втором танке имелись еще два броневых отражателя.
Для защиты от противотанковых мин днище корпуса в передней части имело толщину 105 мм, а остальная часть была изготовлена из 55-мм броневого листа. Надгусеничные листы и внутренние борта имели толщину брони, соответственно, 40 и 80 мм. Такое распределение толщин основных броневых деталей корпуса указывало на стремление конструкторов создать равнопрочный снарядостойкий корпус. Усиление передней части днища и крыши также существенно повысило жесткость конструкции корпуса в целом. Если броневые корпуса у немецких танков имели соотношение между толщинами брони лобовых и бортовых деталей равное 0,5-0,6, то у бронекорпуса танка «Мышь» это соотношение достигало 0,925, т.е. бортовые броневые листы по своей толщине приближались к лобовым.
Все соединения основных броневых деталей корпуса были выполнены в шип. Для увеличения конструктивной прочности шиповых соединений броневых листов в стыках соединений устанавливались цилиндрические шпонки по типу шпонок, применявшихся в соединениях корпуса САУ «Фердинанд».
Шпонка представляла собой стальной валик диаметром 50 или 80 мм, вставляемый в отверстие, высверливаемое в стыках соединяемых листов после сборки под сварку. Отверстие выполнялось так, чтобы ось сверления располагалась в плоскости граней шипа соединяемых броневых листов. Если без шпонки шиповое соединение (до сварки) являлось разъемным, то после установки шпонки в отверстие шиповое соединение в направлении, перпендикулярном оси шпонки, разъединить уже было нельзя. Применение двух перпендикулярно расположенных шпонок делало соединение неразъемным еще до окончательной сварки. Шпонки вставлялись заподлицо с поверхностью соединяемых броневых листов и приваривались к ним по периметру основания.
Кроме соединения верхнего лобового листа корпуса с нижним, шпонки использовались также в соединении бортов корпуса с верхними лобовыми, кормовыми листами и днищем. Соединение кормовых листов между собой выполнялось в косой шип без шпонки, остальные соединения броневых деталей корпуса (часть крыши, днище, надгусеничные листы и др.) – в четверть впритык или внахлест с применением двухсторонней сварки.
Башня танка также была сварной, из катаных броневых листов и литых деталей из гомогенной брони средней твердости. Лобовая часть – литая, цилиндрической формы, имела толщину брони 200 мм. Бортовые и кормовой листы – плоские, катаные, толщиной 210 мм, лист крыши башни – толщиной 65 мм. Таким образом, башня, как и корпус, была сконструирована с учетом равнопрочности всех ее броневых деталей. Соединение деталей башни осуществлялось в шип с применением шпонок, немного отличавшихся от шпонок в соединениях корпуса.
Все броневые детали корпуса и башни имели различную твердость. Броневые детали толщиной до 50 мм подвергались термообработке на высокую твердость, а детали толщиной 160 мм обрабатывались на среднюю и пониженную твердость (НВ=3,7-3,8 кге/мм² ). Лишь броня внутренних бортов корпуса, имевшая толщину 80 мм, подвергалась термообработке на низкую твердость. Броневые детали толщиной 185-210 мм имели низкую твердость.