Введение автоматического гранатомета придало БМД-3 новые возможности по поражению живой силы противника – как открыто расположенной, так и в укрытиях открытого типа. Это увеличило огневые возможности машины на пересеченной местности, в населенных пунктах и т.п. АГС-17 имеет боекомплект 290 выстрелов, ленточное питание и скорострельность 350- 450 выстр./мин – при автоматическом огне и 50- 100 выстр./мин – при стрельбе одиночными выстрелами. Огонь ведется короткими (до пяти выстрелов) и длинными (до десяти выстрелов) очередями. Предельная дальность стрельбы – 1700 м.
Таким образом, борьбу с открытой живой силой на больших дальностях (до 4000 м) может вести пушка 2А42, на средних (до 1300 м) – спаренный ПКТ, на малых (до 800 м) – курсовой РПКС74 и оружие десанта, на малых дальностях и за укрытиями – АГС-17. Гранатомет АГС-17 также может сниматься с установки в машине и вести огонь с грунта (для этого служат возимые на машине треножный станок и прицел ПАГ-17).
При стрельбе из курсового гранатомета АГС-17 гранатометчик использует перископический прибор-прицел ППБ-2-2 с полем зрения не менее 25,5'. Для стрельбы из пулемета РПКС74 применяется перископический прибор ТНПП-220А (с кратностью увеличения 1,5
Свой вклад в поражение и подавление легких наземных целей при действии с машины могут внести остальные десантники боевого расчета, ведя огонь из автоматов через три амбразуры с шаровыми установками. Боекомплект автоматов АКС74 составляет 2160 патронов. При стрельбе из машины на автомат крепится возимый в ЗИПе улавливатель гильз.
Броневая защита БМД-3 – противопульная. Корпус машины сварен из катаных листов броневого алюминиевого сплава. При использовании того же сплава, что и для корпусов БМД-1 (БМД-2), толщина многих броневых деталей увеличена.
Лобовые листы корпуса БМД-3 имеют сравнительно большие углы наклона, что повышает их защитные свойства. Бортовые листы – вертикальные. Для увеличения жесткости днищу придана корытообразная форма с реданом, с фланцами крепления на болтах съемных опор для балансиров с опорными катками ходовой части. Кроме того, для приемлемой противоминной стойкости днище корпуса имеет два продольных зига и четыре поперечных балки.
Лобовые листы корпуса обеспечивают защиту от 12,7-мм пуль (обстрел корпуса на испытаниях проводился 12,7-мм пулями Б-32) с дистанции 75 м, остальные (бортовые и кормовые) от 7,62-мм пуль (включая бронебойно-зажигательные) – на любой дистанции.
Коническая башня сварена из стальных броневых листов (броневых секторов, крыши, опорного и переднего листов) и установлена на шариковой опоре на подбашенном листе крыши корпуса. Бронирование башни защищает от 7,62-мм пуль Б-32 с любой дальности вкруговую, лобовой ее части – от 12,7-мм пуль Б-32. При этом обеспечивается также защита от осколков снарядов и мин.
В лобовом листе башни имеется вырез, в который вварена рамка. В рамке башни на на цапфах, снабженных подшипниками, крепится маска спаренной установки. Маска, кожух и задняя крышка-груз образуют изолированный отсек внутри башни, призванный уменьшить загазованность боевого отделения. В этом отсеке размещаются элементы крепления пулемета ПКТ, системы питания пушки, узлы стабилизатора. Для отсоса газов из кожуха в нише башни, слева от пушки, смонтирован вытяжной вентилятор. На кожухе имеется стопор для фиксации установки «по-походному».
На бортах башни привариваются кронштейны под три дымовых гранатомета и рымы предназначенные для ее монтажа или демонтажа.
Разумеется, предусмотрена защита от оружия массового поражения (ударной волны, гамма-излучения, отравляющих веществ и бактериальных аэрозолей)с использованием система коллективной защиты. Система включается автоматически или вручную (с пульта механика-водителя). Информацию о ядерном взрыве выдает гамма-датчик ГД-1. Герметичность внутреннего объема корпуса и башни обеспечивается соответствующими уплотнениями. В нише правого борта корпуса в изолированном отсеке располагается фильтровентиляционная установка, обеспечивающая создание в обитаемых отделениях избыточного давления не менее 25 кгс/м² . Подвод воздуха от ФВУ к индивидуальным полумаскам производится специальными воздуховодами. Кроме того, элементы этой системы используются для обеспечения обитаемости. В частности, с помощью ФВУ и вытяжного вентилятора башни производится вентиляция обитаемых отделений, от ФВУ по индивидуальной разводке подводится воздух к рабочим местам членов боевого расчета в корпусе (к местам командира и наводчика-оператора воздух поступает от воздухозаборного устройства).
Для тушения пожара, возникшего в машине, предназначена автоматическая система ППО двухкратного действия. Она включает два баллона с огнетушащим составом (фреон 114В2), четыре термодатчика, управляющую и коммутирующую аппаратуру. Имеются также два ручных огнетушителя ОУ-2.