Еще летом 1964 г., одновременно с положительным заключением Госкомиссии, был составлен «Перечень замечаний и предложений по устранению отмеченных госкомиссией недостатков комплекса». Их количество составило почти сотню. Отмечалась необходимость расширения зоны поражения ЗРК и повышения эффективности стрельбы в некоторых точках зоны поражения, особенно на малых высотах, а также определения точностных характеристик РЛС при наличии «зеркальных» поверхностей.
Часть из намеченных усовершенствований предполагалось ввести уже с первого серийного комплекта ЗРК. Более сложные изменения планировалось сделать позже, на этапе модернизации. Так, были предусмотрены: защита СНР от самонаводящихся противорадиолокационных ракет, повышение надежности работы при активных помехах, использование в составе ракеты головки самонаведения.
Дальнейшее совершенствование комплекса проходило в несколько этапов. При этом основное внимание уделялось замечаниям, сделанным по результатам первых лет эксплуатации «Круга» в воинских частях, ранее принятым решениям Госкомиссии по совместным испытаниям ЗРК, замечаниям представителей полигона после контрольных испытаний, развитию техники и тактики действий средств воздушного нападения, научно-техническим заделам НИЭМИ.
Как правило, требования, обозначавшие необходимость выполнения очередной модернизации, оформлялись «пакетами» и выполнялись в виде тем («Грань», «Безопасность», «Сектор» и др.).
Одной из первых работ, проведенных по результатам эксплуатации «Круга» в воинских частях, стало усовершенствование системы горизонтирования самоходов СНР 1С32 и ПУ 2П24 на позиции. Считалось, что свободно подвешенный маятник блока горизонтирования К-160 будет непрерывно выдавать с помощью датчиков углы перекоса платформ СНР и ПУ – «угол протаптывания» (поворот вокруг продольной оси)и «угол галопирования»(поворот вокруг поперечной оси). Оба этих угла учитывались при решении задачи встреливания ракеты в луч захвата ракетного канала РЛС. Однако при вращении антенного поста СНР и направляющих ПУ в предстартовый период самоходы покачивались, что приводило к непрерывному изменению углов, и система входила в колебания. Занявшись поиском способа демпфирования колебаний, ведущий конструктор схемы горизонтирования А.И. Телига предложил ввести механизм стопорения маятника после включения аппаратуры и ввода углов горизонтирования. При этом первоначально отработанные углы «протаптывания» и «галопирования» фиксировались для занятой позиции. В результате, колебания системы наведения направляющих ПУ в точку встреливания прекратились, а точность работы практически сохранилась.
В числе первых выполнили доработки «Круга» по снижению его нижней границы досягаемости и уменьшению «мертвой зоны». Для этого потребовалось провести ряд глубокихтеоретических и инженерных исследований, поскольку процесс стрельбы по низколетящим целям значительно усложнялся помехами на экранах РЛС от местных предметов – деревьев, строений, подстилающих поверхностей типа снега, водной акватории, мокрого луга и пр. Проведенные на полигоне испытания СНР по низколетящим целям позволили собрать большой статистический материал, подтвердивший теоретические положения об особенностях сопровождения цели при наличии на приемной антенне сигналов от цели и переотраженных от земли. Были найдены дальности полного разделения этих сигналов и перехода оси равносигнальной зоны к точному сопровождению цели. Все это позволило сформировать требования к позиции СНР 1С32, при соблюдении которых можно было уменьшить влияние отражений на точность сопровождения целей.
Для поражения низколетящих целей в ЗРК «Круг» также ввели режим стрельбы с превышением, что позволило уменьшить вероятность преждевременного срабатывания радиовзрывателя.
Большой объем доработок СНР 1С32 потребовался и для обеспечения стрельбы в условиях применения противником самонаводящихся на излучение противорадиолокационных ракет (ПРР), в частности, появившейся в середине 1960-х гг. ракеты AGM-45 Shrike («Шрайк»), При этом с привлечением частей ВВС неоднократно моделировались дуэльные ситуации противоборства СНР-ПРР, позволявшие определить факторы, способствующие повышению живучести ЗРК. В первую очередь, были определены приемы его боевой работы, регламент излучения РЛС и использования телевизионного оптического визира для поиска и полуавтоматического сопровождения цели. Эти работы выполнялись под руководством В.П.Чувилина и Э.И. Соренкова.