Головным разработчиком комплекса в целом и ЗУР было назначено ОКБ-16 ГКОТ, в дальнейшем преобразованное в Конструкторское бюро точного машиностроения (КБТМ) МОП. Под руководством главного конструктора А.Э. Нудельмана эта организация достигла больших успехов в области создания авиационного и зенитного корабельного малокалиберного пушечного вооружения и завершила разработку сложного противотанкового комплекса с радиоуправляемой ракетой "Фаланга".
При разработке комплекса "Стрела-1", в отличие от других ЗРК ближнего действия (например, американских "Чапарел" и "Ред Ай"), было принято использование в ЗУР не инфракрасной (тепловой), а фотоконтрастной ГСН. В те годы низкий уровень чувствительности уже достаточно освоенных в авиационных ракетах неохлаждаемых инфракрасных ГСН не обеспечивал выделение цели в передней полусфере. Поэтому стрельба по самолетам противника могла вестись только "вдогон", как правило уже после выполнения ими боевой задачи. В подобных тактических условиях вполне возможно было и уничтожение ЗРК еще до пуска им зенитных ракет. Напротив, применение фотоконтрастной ГСН обеспечивало возможность обстрела целей на встречных курсах.
Главным конструктором оптической головки самонаведения для ЗУР был определен В.А. Хрусталев, организацией-разработчиком — ЦКБ-589 ГКОТ.
Впоследствии организация была преобразована в ЦКБ "Геофизика" МОП, а работы по ГСН для ЗУР "Стрела" возглавил Д.М. Хорол.
Уже в 1961 г. было проведено более 50 баллистических и два программных (с управлением только по курсу) пуска ракет на Донгузском полигоне, сотни сжиганий двигателей и порохового аккумулятора давления, обеспечивающего питание турбогенератора и рулевых машин. В ходе отработки, показавшей замедленный выход порохового аккумулятора давления на режим, его конструкция была доработана введением дополнительной форсажной пороховой шашки.
Отработка головки самонаведения с длиной волн 0,4–0,65 мкм показала ее недостаточную чувствительность. При слабом освещении самолеты Ил-28, Ил-14, Ту-16, Ту-104 и вертолеты Ми-4 не захватывались на дальностях более 3 км, хотя уверенно отслеживались визуально, без применения оптики. В результате вместо германиевого фотодиода в ГСН использовали более чувствительный кадмий-сернистый.
Угол отклонения ГСН — 27 град. — оказался недостаточным для наведения на цели, маневрирующие с перегрузкой 2 единицы. Вызывала сомнения достаточность мощности боевой части — не во всех опытах ее хватало на то, чтобы перебить центроплан Ил-28. При промахе 0,3 м цель уже не поражалась.
Применение подрыва ракеты для самоликвидации на высотах более 500 м приводило к ее разрушению на множество мелких фрагментов, но помимо их образовывалось и четыре убойных осколка. Вероятность поражения собственного бойца оценивалась в 0,04 %. В конечном счете было принято решение отказаться от самоликвидации ракеты. Вероятность нанесения ущерба своим войскам оказалась ниже при реализации схемы с падением ракеты как единого целого, разумеется, с исключением подрыва боевой части при ударе о грунт.
В начале прорабатывалась схема с предстартовым двигателем, обеспечивающим выброс ракеты из контейнера для запуска основного двигателя на безопасном расстоянии, но ее сочли недостаточно надежной. На ранних стадиях работ рассматривалась компоновка с двумя двигателями — стартовым и маршевым. В дальнейшем перешли к одному двухрежимному двигателю с одношашечным зарядом, выполненным из рецептур с различными скоростями горения. При работе двигателя достигалась скорость 250 м/с, при дальнейшем управляемом полете снижавшаяся до 100 м/с.
Как уже отмечалось, в соответствии с тем же Постановлением коломенским СКБ разрабатывался другой переносной ЗРК "Стрела-2". Масса и габаритные показатели у этого ЗРК были меньше, чем у комплекса "Стрела-1". Первоначально разработка ЗРК "Стрела-1" в какой-то мере подстраховывала работы по комплексу "Стрела-2", связанные с большей степенью технического риска. После решения основных принципиальных проблем, связанных с созданием комплекса "Стрела-2", встал вопрос о назначении ЗРК "Стрела-1", имевшего практически те же летно-технические характеристики. Для обеспечения более целесообразного использования комплекса "Стрела-1" в войсках руководство ГКОТ обратилось к Заказчику и в Правительство с предложением установить для этого ЗРК более высокие требования по максимальной дальности поражения (до 5 км) и досягаемости по высоте (до 3500 м), отказавшись от переносного комплекса, собираемого перед пуском, и перейдя к ЗРК с размещением на автомобильном шасси. Указывалось, что на ранее заданной высоте до 1500 м ожидается применение не более чем 40 % тактической авиации противника. При этом предусматривалось увеличить массу ракеты с 15 до 25 кг, диаметр — с 100 до 120 мм, длину с 1,25 до 1,8 м. Большие масса и габариты "Стрелы-1" по сравнению с "Ред Ай" объяснялись необходимостью поражения воздушного противника на подлете, в то время как американский ЗРК мог обстреливать цели только вдогон.