Но спустя несколько месяцев после того, как очередная серия неудач при испытаниях В-625 поставила под сомнение возможность выполнения директивных сроков по созданию всей системы, тон пришлось изменить КБ-1. Конечно, создание унифицированной ракеты поставило перед специалистами ОКБ-2 чрезвычайно сложные задачи. Прежде всего, требовалось обеспечить совместимость ракеты с существенно различными наземными и корабельными системами наведения и управлении, различным оборудованием и вспомогательными средствами. Несколько отличались и требования Войск П ВО и флота. Для С-125 достаточной считалась минимальная высота поражения целей порядка 100 м, что на момент начала разработки комплекса соответствовало ожидаемой нижней границе применения боевой авиации по наземным целям. Для флота требовалось создать ракету, обеспечивающую поражение противокорабельных ракет, летящих над относительно ровной морской поверхностью на высотах от 50 м. Связанное с этим принятие решения об использовании при наведении ракеты на цель различных траекторий с подлетом к высотной цели снизу. а к маловысотной сверху потребовало размещения на ЗУР двух приемных антенн радиовзрывателя. Принципиально различным было и закрепление ракет перед стартом. На подверженной качке корабельной пусковой установке они подвешивались под направляющими, на бугелях. расположенных на стартовой ступени. На наземной пусковой установке, наоборот, ракета опирались бугелями на направляющую. Имелись отличия между ракетами и в размещении антенн на аэродинамических поверхностях.
Таким образом, вопреки популярной версии, вовсе не флоту якобы было навязано не вполне соответствующее его требованиям "изделие". Напротив, в форсмажорных обстоятельствах для сухопутного комплекса было предложено использовать корабельную ракету, что и позволило успешно и своевременно завершить его разработку. "Родимым пятном", указывающим на морскую родословную всех грушинских ракет комплекса С-125. стали размещенные на ускорителе раскрывающиеся при старте стабилизаторы ракеты. Такая схема обеспечивала уменьшение поперечных размеров ракеты, столь важных при размещении в тесных корабельных погребах, но не имеющих решающего значения при эксплуатации в Войсках ПВО.
В течение зимы-весны 1959 г. в ОКБ-2 был подготовлен вариант ракеты В-600 (условно называвшийся В-601 первая ракета с таким наименованием), совместимой со средствами наведения С-125. Эта ракета по геометрическим, массовым и аэродинамическим характеристикам соответствовала корабельной В-600. Главное отличие заключалось в установке блока радиоуправления и визирования УР-20. предназначенного для работы с наземной станцией СНР-125. Простота этой замены определялась тем, что ранее УР-20 устанавливался на маршевой ступени В-625 с диаметром 280 мм. Теперь же он размешался в более просторном корпусе В-601 375-мм диаметра.
Первое испытание В-601 в разомкнутом контуре управления было проведено в Капустином Яре 17 июня 1959 г. В тот же день состоялся 20-й пуск В-625, в очередной раз "ушедшей" от направления пуска и не попавшей в сектор обзора станции наведения. Еще два успешных пуска В-601, проведенные 30 июни и 2 июля 1959 г., окончательно подвели черту под затянувшимся вопросом выбора ракеты для С-125.
В итоге 4 июля 1959 г. руководством страны было принято Постановление № 735–338. в соответствии с которым в качестве зенитной для системы С-125 была принята ракета типа В-600. Эта ракета должна была быть представлена на совместные летные испытания в I кв. 1960 г. Вариант ракеты для Войск ПВО страны взамен В-601 получил наименование В-600П (несекретный индекс — 5В24), а корабельная ракета продолжала именоваться В-600 (4К90). С учетом больших энергетических возможностей ракеты В-601) по сравнению с В-625 перед ОКБ-2 одновременно была поставлена задача расширить зоны поражения комплекса, в том числе обеспечить диапазон высот перехвата целей от 200–300 до 10000 м.
Этим же Постановлением работы по ракете В-625 были прекращены. Тем не менее во второй половине 1959 т. на полигон было доставлено несколько ракет В-625, доработанных на заводе № 82. Создатели ракеты надеялись провести испытания в замкнутом контуре управления в составе комплекса С-125. но соответствующего разрешения не последовало. Как говорится — поезд ушел! Разработчикам В-625 оставалось довольствоваться лишь тем, что своей работой они дали "путевку в жизнь" аэродинамической схеме "поворотное крыло", использованной в те же годы для ракет, разрабатывавшихся для ЗРК "Круг" и "Куб".
Смена основного разработчика ракеты определила и некоторые изменения в составе соисполнителей. Аппаратура радиоуправления разрабатывалась КБ-1, автопилот — ОКБ-118, боевая часть — НИИ-6, топливные заряды — НИИ-125, предохранительно-исполнительный механизм — НИИ-222, радиовзрыватель — НИИ-504. Практически все они были ранее задействованы в разработке корабельной ракеты В-600.