Первоначальными планами переход к автономным испытаниям В-600 планировался к концу 1958 г., но в августе после двух неудачных бросковых пусков В-625 главный конструктор ОКБ-2 П.Д. Грушин вышел с предложением о проведении доработки В-600 с тем. чтобы се можно было использовать в составе комплекса С-125. Весомость этого предложения значительно усилилась после того, как 25 июля 1958 г. за разработку ракеты В-750 П.Д.Грушину было присвоено звание Героя Социалистического Труда, а ОКБ-2 было награждено Орденом Ленина.
Для ускорения работ по В-600 П.Д.Грушин принял решение начать автономные испытания уже в сентябре в Капустином Яре. Поскольку имевшаяся на этом полигоне спроектированная для В-625 пусковая установка СМ-78 не годилась для В-600, в ОКБ-2 была рассмотрена возможность использования для пусков В-600 имевшейся гам пусковой установки 140E, которая до 1955 г. использовалась для испытаний ракеты ШБ-32 1*. Как оказалось, потребовались лишь небольшие доработки 140E, и в середине сентября она была готова для проведения пусков. В это время В-600 и В-625 были продемонстрированы руководителям страны во главе с Н.С. Хрущевым, прибывшим в Капустин Яр на показ новейших видов ракетной техники.
Первый автономный пуск В-600 в Капустином Яре состоялся 25 сентября. В последующие две недели было проведено еше три подобных пуска, в ходе которых рули ракеты отклонялись в соответствии с командами от находившегося на ее борту программного механизма. Все четыре пуска прошли без существенных замечаний.
Следующая серия автономных испытаний В-600 была проведена со стенда-макета корабельной установки ЗИФ-101 и завершилась 19-м пуском, выполненным 17 декабря 1958 г. Существенных замечаний к ракете и в этой серии пусков также не было — лишь в одном из них из-за некондиционной электробатареи не отделился ускоритель и не был запущен маршевый двигатель.
К началу 1959 г. В-600 была готова к испытаниям в замкнутом контуре управления. Тем самым предложение П.Д.Грушина об использовании В-600 в составе С-125 было подкреплено вполне реальными результатами.
Впрочем, идея унификации была поддержана далеко не сразу. Так. представитель военной приемки Борис Николаевич Перовский в книге "Грани "Алмаза" рассказал об одном из эпизодов, произошедших при обсуждении хода работ по С-125 на совещании у начальника Четвертого Главного Управления МО П. Н. Кулешова.
"После моего очень краткого вводного выступления докладывает М. Г. Олло. Его слушают спокойно, никто не перебивает. Следующим, как всегда резко, безапелляционно докладывает Петр Дмитриевич Грушин. По его мнению, только его ракета может быть нормально использована в С-125. Ракета же КВ Тушинского машиностроительного завода якобы вообще не может быть доведена до состояния нормального серийного производства.
Потом встает представитель КБ-1 пожилой, интеллигентный конструктор Дмитрий Людвигович Томашевич — опытный ракетостроитель, работавший когда то вместе с Грушиным, и начинает спокойно. квалифицированно, убедительно разбивать по порядку все доводы Петра Дмитриевича.
Петр Дмитриевич понимает, что вот-вот наступит катастрофа, вскакивает и, перебивая Томашевича, раздраженно почти кричит:
— Да что это за безобразие? Куда меня пригласили? Что здесь за люди? Какие-то посторонние с улицы начинают пас учить." Здесь люди, не допущенные к этой тематике." Я прошу убрать отсюда посторонних…
Весь красный, с багровой шеей (что всегда у него является признаком сильнейшего волнения) поднимаете" Александр Андреевич Расплетин и перебивает крик Грушина.
— Петр Дмитриевич, прекратите! Это не человек с улицы. Это сотрудник КБ-1. У нас работают только допущенные люди. Я прошу уважать КБ-1 и изменить тон."