В соответствии с директивой Военного Совета КБФ от 28 мая 1942 года за номером оп/497сс вместе с десятью другими лодками С-7 получила назначение в состав первого эшелона подводных лодок, прорывающихся в открытое море. Прорыв в Балтику планировался в 1942 году в 3 этапа. Первый – лодка проходила размагничивание и осуществляла прорыв из Ленинграда в Кронштадт. Это был действительно прорыв по мелководному Морскому каналу в надводном положении под артиллерийским огнем, без возможности маневра. Второй – по прибытии в Кронштадт лодка догружалась до необходимого уровня боеприпасами, топливом, продовольствием (раньше нельзя было взять полный запас, т.к. осадка корабля в этом случае не позволила бы пройти по Морскому каналу) и снова проходила размагничивание, что сильно снижало вероятность подрыва на магнитной мине, если у взрывателя не было акустического канала и если лодка прошла над миной более чем в 15 метрах. После выполнения всех действий лодка выходила под эскортом надводных кораблей до острова Лавенсаари, причем в районе Шепелевского маяка предписывалось погрузиться и далее идти в подводном положении. Третий – прорыв с Лавенсаари через Финский залив в Балтику. Охранение выделялось "по способности".
Пробившись из Ленинграда в Кронштадт С-7 догружалась и размагничивалась там в течение 11 суток. Лодка вышла оттуда в поход 2 июля, а 5 числа отошла от Лавенсаари к своей позиции в район Норчепингской бухты. О прорыве в Балтику лодка должна была сообщить особой радиограммой.
9 июля к западу от о. Арке лодку атаковал шведский самолет. В туманной дымке самолет заметили очень поздно, он зашел с бреющего полета, но сброшенные бомбы особого вреда не принесли. В тот же день в 16.17 командир обнаружил отставший от конвоя шведский пароход "Noreg" и атаковал его двумя торпедами, но "швед" увернулся. Через некоторое время появился еще один конвой- 8 судов в охранении 4 боевых кораблей, но в атаку выйти не удалось. Все же к вечеру заметили одиночный транспорт. Первая атака в 18.26 не удалась, зажало хвостовой стопор торпеды. Лисин всплыл, догнал цель и в 19.58 торпедировал шведский транспорт "Margareta" в 20 милях к востоку от острова Эланд.
Через день у северного входа в Кальмарзунд капитан-лейтенант заметил большой конвой и атаковал его двумя торпедами. В результате на дно пошел шведский транспорт "Luleo". Следующие атаки были не успешны. 18 июня на лодке был получен приказ отказаться от атак в шведских водах и перейти в район Виндавы. Там 27 июля Лисин обнаружил одиночный транспорт, промахнувшись двумя торпедами всплыл и попробовал расстрелять его из орудия, но на втором выстреле произошло смещение лейнера в стволе 100-мм орудия, транспорт отвернул и приткнулся к берегу, выбросившись на камни. Скорее всего это был транспорт под наименованием "Ellen Larsen", судя по названию он также шведский .
30 июля в условиях очень малых глубин (под килем семь метров) С-7 попала торпедой в немецкий транспорт "Kathe" (1599 брт),который сразу затонул. 5 августа в районе мыса Стейнорт командир обнаружил еще один транспорт, который атаковал последней торпедой. Убедившись в промахе, Лисин решился на риск, зная, что 100-мм орудие неисправно, он пошел на транспорт с 45-мм пушкой. Стрельба велась с дистанции от одного до двух кабельтов. Хотя встреченный "финн" "Pohjanlahti" был не очень крупным – 682 брт и достаточно престарелым – 1898 года постройки, разрушительное действие 45-миллиметрового фугасного снаряда оказалось маловато для быстрого поражения цели. Артиллеристы превзошли самих себя, если в 1941 году за шесть стрельб выпустили четыре сотни снарядов, то теперь за одну – 380! Транспорт шел из Риги в Хельсинки, но из-за большой опасности от подводных лодок получил приказ срочно зайти в Либаву. Большинство снарядов попадало в корпус. Причем сигнальщики заметили интересную деталь – некоторые пробоины быстро закрывались чем-то изнутри. Оказалось, транспорт вез картошку и крупные клубни застревали в отверстиях. Конечно такая артиллерийская атака требовала значительной смелости. Лодка достаточно долго находилась на поверхности – более 30 минут. Наконец, транспорт загорелся и "нехотя" ушел в воду. Результат был получен весьма ощутимый. С гибнущего парохода отвалили две шлюпки, причем в одной из них находились всего два человека – один греб, другой держал костюм на вешалке. Именно эту шлюпку и перехватили. Расчет оказался точным – человек с костюмом оказался капитаном транспорта и кроме вешалки имел комплект судовых документов и карт.
После атаки до 9 августа С-7 оставалась на позиции, а 11 августа уже встретилась с катером МО-107. Ей пришлось совершить очень сложный переход, так как гирокомпас вышел из строя, а магнитные после такой яростной артиллерийской стрельбы давали неточные показания. На пути к Лавенсаари их попыталась атаковать финская лодка, но катер загнал ее на глубину бомбами.