После встречи ЗУР с целью от многоканальной станции наведения ракет на ПУ передавалась команда об ее сбросе. Передатчик подсвета Г1У переключался на эквивалент антенны. На КП системы с многоканальной станции наведения ракет докладывалось об освобождении ПУ и оставшемся боекомплекте ЗУР. КП производил дальнейшее целераспределение и с учетом этой информации выдавал ЦУ на ЗРК.
При работе системы в автономном режиме в ожидании ударов БР типа "Першинг" РЛС программного обзора вела регулярный поиск в секторе 90° по азимуту и от 26° до 75° по углу места. Центр сектора поиска по команде с КП системы устанавливался в ракетоопасном направлении. При появлении отметок в каком-либо угловом направлении в его окрестностях организовывался дополнительный осмотр (повторные обращения луча).
Если полученные отметки удовлетворяли критерию завязки трасс, то начиналось сопровождение трассы цели и выдача ее траекторных параметров на КП системы. КП отождествлял информацию от цели с имеющейся информацией от других источников, отображал ее на индикаторах поста разведки и обнаружения, и производил внеочередное автоматическое целераспределение. При выборе незанятого ЗРК, которому выдавалось ЦУ для обстрела цели, принимались во внимание расчетная точка падения головной части БР относительно ЗРК, режим его работы (по аэродинамическим целям или БР), наличие в ЗРК боеготовых стрельбовых каналов с ЗУР 9М82. Информация о точках стояния ЗРК и их состоянии поступала от всех многоканальных станций наведения ракет на КП системы. На многоканальной станции наведения ракет, принявшей ЦУ по БР, автоматически производились включение поиска цели в секторе ЦУ и назначение двух ПУ 9А82 для обстрела данной цели (с подготовкой на каждой ПУ или пускозаряжающей установки 9А84 двух ЗУР 9М82 и трансляцией на ПУ координат и ЦУ).
При обнаружении цели многоканальная станция наведения ракет переходила на ее автосопровождение и отождествляла ее координаты с ЦУ, выдавая донесение на КП в случае их совпадения. Отождествление по данным многоканальной станции наведения ракет производилось и на КП. При поступлении с многоканальной станции наведения ракет на ПУ команды на стрельбу одной или двумя ЗУР и завершении предпусковой подготовки ракет командир ПУ мог произвести пуски ЗУР. Так как головная часть БР могла быть в наряде с ложной целью, то на КП производилась селекция головной части, и стрельба организовывалась по цели с соответствующим признаком:
При наличии угрозы применения воздушным противником (самолетами) малоразмерных авиационных БР или ракет типа SRAM РЛС программного обзора вела регулярный обзор пространства (в секторе 60° по азимуту и от 9° до 50° по углу места) в направлении ожидаемого налета. Обнаружение и завязка трасс этих целей производились так же, как по БР типа "Першинг", однако, на КП системы со станции выдавались трассы и отметки только тех целей, скорость которых превышала 300 м/с. На КП производилось распознавание ракет и выбирались ЗРК, для которых стрельба по ним была наиболее эффективной. При этом к стрельбе по авиационным БР могли привлекаться ЗРК, находившиеся в режиме работы по , -аэродинамическим целям, но имевшие боеготовые ЗУР 9М82.
При работе системы по барражирующим на дальностях до 100 км самолетам-постановщикам активных помех КП системы выдавал на многоканальную станцию наведения ракет ЦУ по трассе, сформированной по информации от РЛС программного обзора или от РЛС кругового обзора, или по объединенной информации. Возможно было также ЦУ от КП системы по информации от вышестоящего командного пункта зенитной ракетной бригады С-300В Многоканальная станция на-ведения ракет брала самолет-постановщик помех на автосопровождение по угловым координатам и докладывала об этом на КП системы, Который организовывал выдачу на станцию дальности до постановищика помех, используя для этого данные о дальности до сопровождаемой КП цели, наиболее близкой по пеленгу самолета-постановщика. На многоканальной станции наведения ракет путем экстраполяции данных КП определялась дальность до сопровождаемого постановщика. Дальнейшая работа системы производилась так же, как по аэродинамическим целям. На ПУ 9А82 выдавались все команды, необходимые для организации стрельбы ракетой 9М82, а также команда с признаком помехи для многоканальной станции наведения ракет, которая транслировалась в полетном задании ЗУР и изменяла решение предпусковых задач наведения, которое осуществлялось относительно текущей, а не упрежденной точки положения цели, на борту ЗУР эта команда изменяла алгоритм работы бортового вычеслительного устройства, что обеспечивало самонаведение ракеты на цель при больших расстояниях между ними. В остальном работа системы управления ЗУР была аналогична работе по обычной аэродинамической цели.