Англичанам удалось более-менее установить контроль над территорией материковой части Греции только после шести недель тяжелых боев. 12 февраля 1945 г. в Варкизе было подписано соглашение о прекращении гражданской войны, по условиям которого все формирования ЭЛАС выводились из районов Афин, Салоник и Патраса. Соглашение предусматривало амнистию всем участникам боевых действий, всеобщие выборы и проведение референдума о возвращении короля Георга II на греческий престол; захваченные в плен офицеры и солдаты штаба RAF были возвращены.
В 1945 г. в Греции большая часть бойцов ЭЛАС сложила оружие и разошлась по домам. Зато представители демократического правительства и гуманной нации «свободного мира» в нарушение соглашения стали их сотнями арестовывать и расстреливать без суда и следствия. Лучшей агитации за вступление в ЭЛАС и продолжение вооруженной борьбы трудно придумать. Все же в Греции на целый год наступило относительное затишье. Боевые столкновения вспыхивали эпизодически, а основные сражения шли на политическом фронте.
Правнтельсво страны усиливало свои вооруженные силы, в том числе и ВВС, формально все еще остававшиеся под английским командованием. 13-я эскадрилья ВВС Греции была перевооружена с «Балтиморов» на «Веллингтоны», ее самолеты привлекались к полетам для определения ущерба, нанесенного инфраструктуре страны боевыми действиями. Основными базами греческой авиации стали Хассани и Седее на материковой части страны, Калатон на о. Родос и Гераклион на о. Крит. В августе были сформированы еще три связных эскадрильи: 345-я, 346-я и 347-я, на вооружении они имели самолеты Остер АОР.6, «Гарвард» и «Оксфорд».
Ситуацию в стране взорвали так называемые «всеобщие» выборы, состоявшиеся 31 марта 1946 г. Коммунисты и ряд демократических партий обвинили правительство в фальсификации их итогов и давлении на избирателей. Уместно заметить, что весь 1945 г. полицейский террор в Греции не утихал. Выборы послужили поводом к новой конфронтации. Первое открытое столкновение произошло в июле 1946 г., когда правительственные войска попытались очистить от коммунистов районы гор Вермион и Олимп. Несмотря на то, что наступавших поддерживали танки и «Спитфайры», атаки успеха не имели. Отряды ЭЛАС имели широкую поддержку среди населения страны, огромный опыт партизанской войны с немцами, да и в армии Греции у них было немало скрытых союзников. В стране начался новый виток гражданской войны.
Боевые действия лишний раз показали неэффективность «Спитфайров» в качестве самолетов непосредственной авиационной поддержки и вооруженной разведки. Было высказано парадоксальное на первый взгляд предложение: для выполнения этих задач заменить истребители учебно-тренировочными самолетами «Гарвард», оснащенными бомбодержателями. С помощью англичан несколько самолетов были переоборудованы подобным образом; получившееся в результате изделие было далеко от идеала, но тем не менее боевая эффективность «Гарвардов» оказалась выше, чем у «Спитфайров». Вполне возможно, что переоборудованные в Греции «Гарвады» стали первыми в мире противопартизанскими самолетами. Подобные переделки из учебных и транспортных машин получили широчайшее распространение в мире примерно начиная с 60-х годов.
В июне 1946 I. ВВС Греции наконец-то избавились от формальной опеки англичан: 13-я, 335-я, 336-я и 355-я эскадрильи официально вывели из боевого состава RAF и передали ВВС Греции. Боеспособность греческих ВВС по- прежнему была на очень низком уровне, что объяснялось антагонизмом между армией и элитными летчиками, слабой подготовкой летно технического состава, плохой радиосвязью и, конечно же, неоднозначными политическими взглядами летчиков. К примеру, через год, в июле 1947 г. были арестованы 12 офицеров ВВС по подозрению в организации саботажа и диверсий на авиационной технике.