Известные отечественные знатоки топонимики К.С. Горбачевич и Е.П. Хабло в популярной книге «Почему так названы?» отмечали, что «есть документальные свидетельства преобразования названия „Муя“ в „Мойка“. На старых шведских картах XVII века левый приток Невы, называемый сейчас рекой Мойкой, обозначен как „пиени муя йоки“. По-русски это значит: „маленькая муя река“. В русских писцовых книгах данная же река именовалась „Мья“.
Относительно исходного названия „Муя“ следует сказать, что небольшие болотные речки Ижорской земли нередко носили такое имя. Вероятно, оно связано с финским словом „мую“ (грязь, слякоть). Вспомним, что наша Мойка продолжительный период времени была грязной болотной речкой».
На его исторических набережных по сие время возвышаются выдающиеся по своей художественной значимости творения великих зодчих. На набережных реки Мойки на каждом шагу обнаруживаются яркие свидетельства их таланта и индивидуального мастерства. Река постепенно становилась органической частью Центрального района Петербурга, приобретала свой особый неповторимый колорит и блестящий архитектурный облик. Начиная со времен основания новой русской столицы во все годы с особой тщательностью проводились планировка береговой линии Мойки, прорисовки каждого ее изгиба, работа, способствующая удивительному композиционному завершению старинного водоема. Его набережные и в наши дни украшают величественные ансамбли, причисленные мировыми экспертами к совершенным архитектурным сооружениям XVIII–XIX столетий.
Знаменитые зодчие разместили на набережных реки Мойки уникальные дворцовые здания, аристократические особняки и жилые дома, создав удивительную многоплановую композицию, раскрывающуюся по мере течения водоема к своему устью.
Длина реки составляет 4,67 км, ширина весьма неравномерна – от 20 до 40 м, глубина на разных участках колеблется от 2,1 до 3,2 м. На протяжении почти пяти километров она спокойна, неторопливо несет свои воды через центральные районы Петербурга. Скорость течения на отдельных участках – неодинакова. Если в районе между Лебяжьей канавкой и каналом Грибоедова она составляет 8,3 кубометра воды в секунду, то на участке между Зимней канавкой и Адмиралтейским каналом ее величина достигает 10,3 кубометра. Между Ново-Адмиралтейским каналом и речкой Пряжкой скорость течения Мойки увеличивается уже до 11,3 кубометра воды в секунду.
В 1771–1715 годах по распоряжению Петра I прорыли Лебяжий канал, который не только ограничил территорию Летнего сада с запада, но и соединил Мойку с Большой Невой.
В 1711 году на земельном участке, отведенном сразу же после основания новой столицы капитан-командору Шхельтингу, русский император построил свой первый Зимний дворец и распорядился прорыть канал, ограничивающий дворцовый участок с запада и соединяющий Неву с рекой Мойкой (Зимняя канавка). В те же годы от набережной Невы к Мойке, вдоль западной границы будущего Марсова поля, отходил (ныне засыпанный) Красный канал.
Берега реки Мойки стали постепенно осваиваться уже в первые годы строительства нового столичного города. В начале жилые строения появились на правом берегу Мойки в 1705 году, вскоре после постройки Адмиралтейства. Это были, как правило, небольшие деревянные дома, возведенные на участке между Невской першпективой и Исаакиевской площадью. Их заселяли главным образом морские офицеры, корабельные мастера и иные работники Адмиралтейской верфи.
5 (16) ноября 1704 года, вскоре после основания новой столицы Петр I заложил на южном берегу Невы судостроительную верфь – Санкт-Петербургское, или Главное, Адмиралтейство. Архивные документы утверждают, что строилась она по проекту и при непосредственном участии самого российского императора. Сегодня в Центральном военно-морском музее нашего города хранится старинная гравюра с собственноручной подписью Петра I: «Сей верфь делать государственными работниками или подрядом как лучше и построить по сему».
Царь сумел разместить на сравнительно небольшом земельном участке необходимые и взаимосвязанные кораблестроительные производства.
В начале 20-х годов XVIII века в устье реки Мойки построили адмиралтейские склады для хранения и выдержки лесоматериалов, мастерские по строительству шлюпок, корабельного рангоута и блоков.
В развитии идеи российского императора о превращении новой столицы в Северную Венецию, для удобства транспортировки строительных материалов на верфь и склады, в 1720 году специально прорыли Адмиралтейский канал, по которому на верфь доставляли лес из «магазейнов» – складов, проводили для завершающей оснастки боевые галеры из Галерного двора.