Рытье обновленного русла Мьи нередко осложнялось обнаружением в нем крупных валунов, оставшихся в этих местах после прохождения северного ледника, несшего с собой со Скандинавии песок, глину и огромные камни из кристаллических пород. Углубляя и расширяя русло реки и выравнивая ее берега, рабочие также сталкивались с оставшимися в земле огромными пнями деревьев, кои с превеликими трудностями и усилиями приходилось вручную выкорчевывать из грунта.
Рабочий проект расчистки реки Мьи предусматривал не только прокладку более широкого и глубокого пятикилометрового городского водоема, но и основательную подсыпку вынутой из старого русла землей левого берега водной протоки для строительства на нем небольшого летнего деревянного дворца для императрицы Екатерины I.
После смерти императора в 1725 году городское хозяйство приходило в упадок. Петербургский градоначальник Б.Х. Миних в своем докладе Сенату отмечал, что «при Фонтанной и Мье речках и при каналах сваи, доски, брусья и щиты испортило и многие погнили и землю водою вымывает, от того водоемы заносит… и речки в такую худобу приходят, что занесло вполовину, отчего проход и мелким судам весьма с трудностью...»
Активность отцов города в делах о заботе старинной речки в начале нового XIX века еще более снизилась. В одной из газетных публикаций той поры отмечалось, что «если ранее вода в Мойке была подобна по чистоте и вкусу Невской, то столетие спустя вновь превратилась в протоку с грязной, мутной и дурно пахнущей водой». В связи с этим в 1874 году даже последовало строжайшее запрещение водовозам брать воду для питья и приготовления пищи из реки Мойки.
До основания Санкт-Петербурга река носила ижорское название Муя («грязная»), в 1719–1797 годах водоем уже официально именовали Мьей. Современное название Мойка, вытеснившее прежнее, появилось несколько позже как переосмысленный вариант труднопроизносимого «Мья». Происхождение различных наименований реки, протекающей через центральную часть Петербурга и официально, вплоть до 1709 года, являющейся южной границей новой столицы Российской империи, имеет несколько версий, высказывавшихся в разные года столичными историками. А.И. Богданов, считавший, что «сея речка названа Мойкой от прежней ее нечистоты…» По его мнению, как, впрочем, и с точки зрения иных знатоков топонимики, название реки происходит от глагола «мыть». Были даже попытки связать это наименование с построенными на набережных Мойки общественными банями.
Согласимся, что подобное умозаключение не лишено традиционной национальной любви русских людей к мытью в банях, а слово «баня» на Руси означало «мыть, чистить тело водой». Первые жители Северной столицы любили повторять, что «без Питербурха да без бани, нам как телу без души», «В бане мыться – заново родиться», «Баня – мать вторая, кости распарит, все тело поправит».
Сразу же после основания города Петр I издал указ о строительстве общественных бань и о введении специального денежного сбора с их владельцев. Плату же для содержателей общественных бань устанавливала городская управа. У входа в каждую баню находился сборщик, собиравший «банную плату». Мыло и веники приносили с собой либо приобретали в бане. Малоимущий же люд обычно собирал обмылки и парился «опарышами», подобранными в мыльнях. Мыться приходили семьями, чтобы одни стерегли одежду, пока другие парились и мылись.
«Достаточные» же столичные жители платили при входе в баню «сторожевые» деньги, и банщик во время помывки надежно охранял их платье.
Очередным указом генерал-полицмейстера столицы А.Э. Девиера от 2 марта 1720 года категорически запрещалось «подлому люду строить собственные домовые бани». Для них специально возводились «мыльни на берегу реки Мьи (Мойки) за Финской слободою, числом до 30, из коих половина назначалась для мужчин, а другая, отдельная, для женщин».
В архивных документах сохранилась запись, сделанная рукой самого российского императора: «Где можно, при банях завести цырульни, дабы людей приохотить к бритью бороды, также держать мозольных мастеров добрых».
Заморские гости новой русской столицы с изумлением описывали этот варварский русский обычай и со страхом наблюдали, как, исхлестав себя в парилке березовым веником, горожане бросались в воды Мойки, а зимой в любые морозы окунались в ледяную прорубь. Датский же посол при дворе Петра I Юст Юль в 1709 году писал на родину, что в российской империи «первый доктор – это русская баня».
Оппоненты историка А.И. Богданова и его единомышленников полагали, что название «Мойка» произошло от прежнего наименования реки Мья и возможного звукового сходства ижорского слова «мья» и русских «мыть», «мою», «мойка». По их мнению, самое же название «Мья» дублирует древнее ижорско-финское значение «Муя».