С 1858 по 1883 годы за государственный флаг России был принят также трехполосный флаг, но черно-желто-белых цветов. Такую расцветку можно объяснить «немецкой ориентацией» в годы правления Александра II. Многие передовые люди того времени ратовали за восстановление в правах древнего бело-сине-красного флага. Черный цвет никак не соответствовал характеру русского народа и всегда олицетворял в России траур, скорбь, печаль, смирение, монашество и схиму. Желтый цвет — олицетворение золота — тоже не типичен для русского народа, на Руси с древнейших времен наиболее распространенным ценным металлом было серебро. К вопросу о флаге вернулись через 25 лет. Александр III распорядился иметь в России как национальный, так и для торговых судов, «один единообразный флаг, состоящий из цветов белого, синего и красного».
7 мая 1883 года царский указ официально предписал, «…чтобы в торжественных случаях, когда признается возможным дозволить украшение зданий флагами, был употребляем исключительно русский флаг, состоявший из трех полос: верхний — белого, средний — синего и нижний — красного цветов». На Руси эти цвета имели следующие символические значения: белый — благородство, откровенность; синий — верность, честность, безупречность, целомудренность; красный — мужество, смелость, великодушие, любовь.
Но вернемся к кормовому флагу боевых кораблей. В 1712 году Петр I ввел для них новый, так называемый Андреевский, флаг с синим крестом по диагонали на белом поле. Этот крест перешел на флаг как элемент учрежденного Петром I первого ордена России — ордена Св. Андрея Первозванного, апостола русской земли, который, по христианскому преданию, был распят на диагональном кресте.
Под Андреевским флагом, существовавшим без изменений весь дореволюционный период, корабли русского флота одержали десятки блестящих побед в войне на море.
В 1819 году учреждается высшая награда за воинскую доблесть — Георгиевский флаг и вымпел. На перекрестии синего андреевского креста они имели герб Московского княжества — щит, на красном поле которого был изображен на белом коне Георгий Победоносец. Первым кораблем, которому был пожалован Георгиевский флаг, был линейный корабль «Азов», отличившийся в Наваринском бою (1827 г.).
Возникает вопрос: почему для подъема флага корабля выбрана корма? Ведь, как мы уже говорили, в далеком прошлом флагов на корабле было много и устанавливались они на носовых и даже бортовых флагштоках.
Известно, что на судах греков, римлян и карфагенян под полуютом устраивались божницы, где помещались изображения морских богов. С приходом христианства (I век н. э.) в этом же месте помещались изображения Богоматери и других святых. Покровителем русских моряков издревле считался святой Николай, или Никола Морской (Мокрый). Вполне возможно, что его изображение выставлялось и в божницах первых судов времен Петра I. Пространство на верхней палубе от грот-мачты до бизань-мачты (до входа под полуют) на парусных судах называлось шканцы (или шханцы). Так как именно там устраивались иконы, то это место на корабле почиталось священным. Надо иметь в виду, что как в России, так и во всем мире, первоначально форма отдания чести заключалась в снятии фуражки. Поэтому существовал обычай снимать всеми входящими на шканцы головные уборы. То же (независимо от занимаемой должности и звания) делали все присутствующие на шканцах.
Флаг в своем первоначальном зарождении имел значение как символ самой страны и ее правителя. Этим и объясняется тот факт, что именно корма была избрана для подъема флага с сохранением ритуала отдания ему всех почестей, как святыне. Эта традиция, утратив свою религиозную основу, сохранилась и до наших дней.
14 апреля 1918 года на заседании Совета Народных Комиссаров, проходившем под председательством В. II. Ленина, декретом ВЦИК был утвержден новый флаг республики. На первых порах он являлся одновременно и военным, и военно-морским, и флагом торгового флота и состоял из красного полотнища с золотыми буквами «РСФСР» в верхнем левом его углу. Одновременно были введены флаги высших должностных лиц, вымпел, брейд-вымпел и гюйс.
В 1922 году, когда Страна Советов стала союзом братских республик, красный стяг стал Государственным и морским флагом Союза Советских Социалистических Республик. В флаге СССР вместо буквенной надписи были изображены серп и молот, а затем и пятиконечная звезда. Они помещались в верхнем углу у древка. 24 августа 1923 года был введен новый Военно-морской флаг. Рисунки флагов, вымпелов, брейд-вымпелов Военно-Морского Флота СССР менялись трижды — в 1920, 1923 и 1935 годах.
27 мая 1935 года специальным постановлением правительства утверждены рисунки большинства флагов кораблей Военно-Морского Флота и флагов должностных лиц, ныне существующие. Часть таких флагов введена позднее: аварийно-спасательных судов ВМФ — в 1943 году, главнокомандующего и начальника Главного штаба ВМФ — в 1953 году, флаги Верховного Главнокомандующего, Министра обороны и начальника Генерального штаба Вооруженных Сил СССР — в 1964 году.