Разведение ради внешнего вида может породить две проблемы. Во-первых, разведение с целью увеличить какие-то определённые черты внешности, способно причинить животному страдание или привести к хроническому заболеванию. Среди кошачьих пород таким классическим примером является маленький вздёрнутый, как у пекинесов, нос персидской кошки. Традиционно мордочки персидских кошек немного круглее, чем у обычных кошек, и напоминают кукольные. Персы произошли от скрещивания разнообразных длинношёрстных пород, включая турецкую ангору. Мутация, ответственная за плоскую мордочку, впервые проявилась в 1940‑х гг. в США и была быстро принята в качестве идеального образца породы. Дальнейшая селекция привела к тому, что спинка носа стала ещё короче и поднялась выше, буквально «расплющившись» между глазами. Такая экстремальная форма в настоящее время не поощряется клубами заводчиков кошек. У всех кошек с брахицефалическим синдромом, как правило, наблюдаются проблемы с дыханием, зрением, деформация носослёзного канала, а также трудности во время родов (большой процент мёртворождённых котят). Сегодня владельцы кошек, похоже, предпочитают традиционных персов: в Англии в период с 1988 по 2008 г. было зарегистрировано четырёхкратное падение регистрации персидских кошек «старого типа».
Приплюснутая мордочка персидского кота
Неправильное разведение приводит к развитию у животных различных болезней. Как ни странно, одна из таких «неправильных» пород, мэнкс, уже более ста лет представлена на кошачьих выставках. Ген, который ответственен за её обрубленный хвост, является преимущественно дефектным, а зачастую он способен убить: котёнок, наследовавший две копии этого гена — один от отца, а один от матери, наверняка умрёт ещё до рождения. У кошек с одной копией гена вырастают хвосты разной длины, а некоторые из них склонны к артриту, который может причинять им сильную боль. Этот ген также может влиять не только на длину хвоста, но и спины, повреждая позвоночник и приводя к одной из разновидностей позвоночной грыжи. Кошки породы мэнкс также склонны к болезням кишечника.