Средоточением христианской жизни отец Иоанн считал молитву. Он, по завету Спасителя, воспринимал храм Господень прежде всего как дом молитвы и призывал людей молиться искренно, сердечно, глубоко, с верою в чудодейственную силу молитвы. «Всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут несомненно быть делом». Ему была дарована сила христианина – дар помогающей и исцеляющей молитвы. Многих спасла его молитва.
В книге «Моя жизнь во Христе», вышедшей в свет в 1894 году, отец Иоанн рассказывает о плодах молитвы. «Младенцы Павел и Ольга по беспредельному милосердию Владыки и по молитве моего непотребства исцелились от одержавшего их духа немощи. Девять раз ходил я молиться с дерзновенным упованием, надеясь, что упование не посрамит, что толкущему отверзется, что хоть за неотступность даст мне Владыка просимое; что если неправедный судия удовлетворил наконец утруждавшую его женщину, то тем более Судия всех, праведнейший, удовлетворит мою грешную молитву о невинных детях, что Он призрит на труд мой, на упование мое. Так и сделал Владыка: не посрамил меня, грешника. Прихожу в десятый раз, – младенцы здоровы». Такова была сила молитвы этого великого пастыря. Относился он к молитве и Слову Божию с глубоким уважением, которое внушал и другим: «Во время молитвы и при чтении слова Божия надо иметь благоговение к каждой мысли, к каждому слову, как к Самому Духу Божию, Духу Истины».
Замечательны его слова о молитве священника за людей: «Какое высокое достоинство, честь, счастье – молиться за людей, за это драгоценное стяжание и достояние Божие! С какою радостью, бодростью, усердием, любовью надо молиться Богу – Отцу человеков о людях Его, купленных Ему кровью Сына Его!»
Почти ежедневно совершал отец Иоанн Божественную литургию в Андреевском соборе, где был штатным священником. «Есть люди, для которых литургия – все на свете», – писал отец Иоанн. Сам он решился как можно чаще совершать литургию, а в последние 35 лет своей жизни служил ежедневно, кроме тех дней, когда утро заставало его в пути или когда тяжело болел. Объяснял он это так: «Если бы мир не имел Пречистого Тела и крови Господа, он не имел бы главного блага, блага истиной жизни –
Живи, христианин так, чтобы заслужить принятия Христа Иисуса ежедневно, ибо тот, кто не заслуживает принимать Его ежедневно, недостоин принимать Его и раз в год. Щедро и великодаровито Господь в святом храме Своем уготовляет для нас Свою Трапезу, призывает к Своей Вечери; и надобно нам стыдиться неблагодарного на милостивое приглашение отзыва: