Отчетный доклад Свердлова раскрыл подрывную работу левых эсеров во всех областях государственной жизни. Попытка левых эсеров вызвать своим уходом из СНК хаос в работе полностью провалилась. Внутри ВЦИКа дело обстояло иначе: там левые эсеры оставались, и не было ни одного крупного вопроса, который бы решался во ВЦИКе без острой борьбы и сопротивления левых эсеров, объединившихся с правыми эсерами, меньшевиками.
Свердлов говорил об основных событиях, происшедших со времени IV съезда Советов. Это время отмечено контрреволюционными заговорами, обострением продовольственного вопроса. Контрреволюционная деятельность правых эсеров и меньшевиков вызвала постановление ВЦИКа об исключении представителей этих партий из Советов.
Свердлов выделил из всех главных событий одно — организацию и деятельность комитетов бедноты в деревне. К этому времени комбеды уже начали свою работу. В их деятельности Свердлов видел главное условие развертывания социалистической революции в деревне. И великой гордостью прозвучали его слова: «Мы знаем, что единственным представителем бедноты, только одной бедноты и рабочего класса, является одна наша партия, партия коммунистов-большевиков».
Вопреки бесконечным выпадам и провокациям левых эсеров съезд подавляющим большинством голосов принял предложенную Свердловым от имени фракции коммунистов резолюцию, одобряющую внешнюю и внутреннюю политику ВЦИКа и СНК. Съезд отметил, что продовольственный вопрос представляет главный вопрос внутренней жизни.
Вечером 4 июля, когда поражение левых эсеров на съезде полностью обнаружилось, на узком совещании Центрального Комитета этой партии был намечен срок мятежного выступления. Началом выступления должно было послужить убийство германского посла в Москве графа Мирбаха.
Днем 6 июля левые эсеры Блюмкин и Андреев пробрались с фальшивыми документами в здание германского посольства в Москве и смертельно ранили посла. Вслед за этим выступил эсеровский отряд Попова, который захватил район Покровских ворот и телеграф. В этом районе мятежники сосредоточили около 1300 штыков.
Утром 6 июля начался также белогвардейский мятеж в Ярославле. Левые эсеры смыкались с самой оголтелой контрреволюцией.
Как только стало известно об убийстве Мирбаха, Ф. Э. Дзержинский решил лично направиться в отряд Попова, чтобы арестовать скрывавшегося там Блюмкина. Свердлов поддержал Феликса Эдмундовича. Он был уверен, что поездка Дзержинского в штаб Попова даст возможность выяснить, насколько это убийство не личный акт эсера, а заговор всей эсеровской партии.
Мятежники схватили и обезоружили Дзержинского. Вслед за тем им удалось арестовать председателя Московского Совета П. Г. Смидовича. Казалось, удача сопутствовала мятежникам — они захватили здание ВЧК на Лубянке. Но, по сути дела, вся эта авантюра с самого начала была обречена на провал. Им не удалось выполнить свой злодейский замысел — захватить Кремль — резиденцию Советского правительства — и Большой театр — место заседаний съезда, обезглавить партию и Советское государство.
6 июля Свердлов готовился открыть очередное заседание съезда, когда стало известно о мятеже левых эсеров. Ленин еще не прибыл на заседание. Нельзя было терять ни минуты.
Свердлов сохраняет полное спокойствие и невозмутимость. Луначарский справедливо отмечал, что в самые сложные моменты исторических событий, когда нервы, казалось бы, должны быть особенно перенапряжены, спокойствие и уравновешенность являлись чертой многих крупнейших революционных деятелей. «Но в Свердлове, — писал он, — эта черта достигала одновременно чего-то импонирующего и, я сказал бы, монументального и вместе с тем отличалась необыкновенной естественностью».
Свердлов вместе с рядом товарищей-большевиков разработал план действий: объявить заседание фракций и тут же арестовать левоэсеровскую фракцию съезда Советов. Этот план немедленно приводится в исполнение. Свердлов появляется за столом президиума. Спокойно звучит его голос. Сейчас начнется заседание фракций. Левые эсеры собираются в большом фойе театра, большевистская фракция — на Малой Дмитровке, в помещении школы агитаторов.
Большевики уходят, а левоэсеровскую фракцию тут же окружают красноармейцы. Левые эсеры, задумавшие арестовать президиум съезда, сами оказались изолированными.
Яков Михайлович немедленно отправился в Кремль, Ленину. Здесь, в Кремле, сформировался центр по руководству военными операциями. По указанию Ленина были приняты быстрые и решительные меры по ликвидации мятежа.
Телефонограмма Свердлова в Московский Совет: «Во все районы отдать предписание: установить постоянное дежурство в районах, держать в полном порядке службу связи и тесный контакт с фабрично-заводскими комитетами, так, чтобы по первому призыву вывести рабочих на улицу».