Летом 1918 года Свердлов вместе с Лениным подписывают исторические декреты пролетарской революции по продовольственному делу, предписания местным Советам о создании военных комиссариатов, положение о революционном трибунале при ВЦИКе, наставления ВЦИКа и СНК местным Советам, как поступать в случае нашествия неприятеля, и другие важнейшие государственные акты.
Опора на деревенскую бедноту могла быть прочной при условии, если не нарушались интересы среднего крестьянства.
Свердлов строго следил за тем, чтобы в продовольственной политике не нарушались принципы большевистской партии по отношению к крестьянству. Когда летом 1918 года Курский губисполком обязал всех крестьян в десятидневный срок сдать урожай с поделенных помещичьих земель, Свердлов немедленно вмешался, назвал это постановление глубокой ошибкой, которая ослабляет ряды рабоче-крестьянского фронта, и потребовал отмены этого постановления.
Руководя по-прежнему Секретариатом ЦК, направляя работу ВЦИКа, его отделов и комиссий, Свердлов вместе с тем крепко держал в своих руках нити, ведущие к губернским и уездным съездам Советов, проходившим накануне V съезда. Повсюду на этих съездах вспыхивали жаркие бои с эсерами, и повсюду левые эсеры терпели поражение. Особое внимание левые эсеры обратили на Кубань, Поволжье, Центрально-Черноземную область. Сюда они направили свои отборные силы, однако и в этих районах съезды Советов прошли под большевистским руководством. Надежды левых эсеров захватить руководство съездами Советов в Орловской, Воронежской, Рязанской, Тамбовской и других губерниях потерпели крах. Накануне V съезда Советов в 21 губернском Совете Центральной России было более 70 процентов коммунистов и только 26 процентов левых эсеров.
Таким образом, потерпели крах надежды левых эсеров получить большинство на V съезде Советов. Отчаяние и присущий этой мелкобуржуазной партии авантюризм толкнули ее на политическое самоубийство. 24 июня ЦК партии левых эсеров принял решение организовать антисоветский мятеж, свергнуть Советское правительство и захватить власть. Затем по безумному плану левых эсеров они должны были развернуть борьбу против большевиков в деревне, сорвать хлебную монополию, разогнать комбеды. Этот план предусматривал также разрыв Брестского мирного договора, союз с белочехами и Антантой, войну с Германией.
Выступление партии левых эсеров оказалось частью общего антисоветского плана. По этому плану готовился мятеж в ряде городов Центрального Поволжья, на Восточном фронте, где командовал левый эсер Муравьев, в так называемой «нейтральной зоне», граничащей с Украиной. Задолго до V съезда Советов левые эсеры стали осуществлять свой план. То тут, то там возникали кулацкие мятежи, подвергались нападениям продотряды рабочих, вызывались провокационные конфликты в пограничных районах Украины и Белоруссии.
После выхода из Советского правительства в марте 1918 года левые эсеры тем не менее все еще оставались в коллегиях ряда наркоматов, в ВЧК, в некоторых штабах Красной Армии. Они использовали советские учреждения для антисоветской работы и подготовки мятежа.
Но решающий удар они замыслили нанести во время работы V съезда Советов. Заговорщики намеревались арестовать президиум съезда, захватить правительственные учреждения, телеграф, вокзалы и декларировать переход власти в руки левых эсеров. Все эти планы хранились в глубокой тайне от рядовых членов партии левых эсеров. Однако многие признаки говорили о том, что левые эсеры готовят какую-то авантюру. Свердлов внимательно наблюдал за всеми их действиями.
Когда левые эсеры стали настойчиво добиваться, чтобы им поручили охрану Большого театра, где должны были проходить заседания съезда, Яков Михайлович не показал и вида, что у него возникло подозрение. С того времени, как Ленин сказал, что он теперь совсем не доверяет левым эсерам, прошло около месяца, и за это время накопилось достаточно данных для укрепления этого недоверия. Свердлов принял необходимые меры предосторожности. Часть постов внутри Большого театра заняла левоэсеровская охрана. Около каждого левоэсеровского поста были поставлены надежные боевые группы, которые не спускали глаз с «часовых». Вокруг театра и на прилегающих улицах были выставлены боевые посты из красноармейских частей под руководством коммунистов. Все было подготовлено к отпору и немедленному контрудару в случае какого-либо авантюрного выступления левых эсеров.
И вот наступил день 4 июля 1918 года. В четыре часа дня Яков Михайлович открыл V съезд Советов. Из 1035 делегатов с решающим голосом большевиков было 678 (65,4 процента), левых эсеров 259 (25 процентов). Такой состав съезда служил наглядным доказательством победы политики большевиков. Неуклонно от съезда к съезду росло влияние большевистской партии в массах.
Первое слово свое при открытии съезда Свердлов посвятил товарищам, павшим в борьбе за власть Советов на фронтах и в тылу. Съезд почтил память героев вставанием.