Своим Указом Б. Ельцин возложил на Комиссию следующие задачи: координация деятельности федеральных органов исполнительной власти по реализации Закона Российской Федерации «О реабилитации жертв политических репрессий»; изучение, анализ и оценка масштабов и механизмов репрессий; подготовка и представление соответствующих материалов и предложений по вопросам реабилитации Президенту Российской Федерации; информирование общественности о масштабах и характере репрессий. Одновременно в целях всестороннего изучения истории массовых политических репрессий Президентом России был подписан Указ от 23 июня 1992 года № 658 «О снятии ограничительных грифов с законодательных и иных актов, служивших основанием для массовых репрессий и посягательств на права человека».
Иными словами, Комиссия получила широкое пространство для своей деятельности. В результате были изданы следующие Указы: «О событиях в г. Кронштадте весной 1921 года», восстановивший справедливость в отношении почти 20 тысяч невинных людей — жертв произвола и насилия власти еще при Ленине; «О восстановлении справедливости в отношении репрессированных в 20—30-е годы представителей якутского народа»; «О восстановлении законных прав российских граждан — бывших советских военнопленных и гражданских лиц, репатриированных в период Великой Отечественной войны и в послевоенный период»; «О мерах по реабилитации священнослужителей и верующих, ставших жертвами необоснованных репрессий»; «О крестьянских восстаниях 1918–1922 годов»; «О дополнительных мерах по реабилитации лиц, репрессированных в связи с участием в событиях в г. Новочеркасске в июне 1962 г.».
Комиссия проанализировала содержание и механизм репрессивной политики по отношению к представителям социалистических партий и анархистских организаций, проводившейся властью в целях утверждения и сохранения однопартийной системы в стране. Были исследованы проблемы, связанные с политическими репрессиями в период с 1917 по 1953 годы в отношении интеллектуальной элиты общества — творческой интеллигенции. Специалисты Комиссии изучили обстоятельства так называемого «дела» маршала Г.К. Жукова и пришли к заключению о полной несостоятельности обвинений, выдвинутых в 1957 году против полководца.