С 1987 по 1991 год удалось вернуть честное имя всем, кто проходил по делам: «Союз марксистов-ленинцев», «Московский центр», «Антисоветский объединенный троцкистско- зиновьевский центр», «Параллельный антисоветский троцкистский центр», «Антисоветский правотроцкистский блок», «Антисоветская правотроцкистская организация» в Красной Армии, «Ленинградское дело», «Еврейский антифашистский комитет», «Султан-галиевская контрреволюционная организация», «Всесоюзный троцкистский центр», «Союзное бюро ЦК РСДРП(м)», «Ленинградская контрреволюционная зиновьевская группа», «Ленинградский центр», «Бухаринская школа», «Рыковская школа». И многим другим.
Заседания Комиссии далеко не всегда были безоблачными. Нередко возникали острые споры. Особенно бдительными в оценках деятельности собственного ведомства были работники КГБ. И все же атмосфера времени благоприятствовала принципиальным решениям. Но случались и непримиримые разногласия, например в отношении убийства Кирова. Записка по этому вопросу обсуждалась на Комиссии несколько раз, но согласие так и не было достигнуто. Я как председатель Комиссии отказался подписать подготовленный текст, с которым были согласны другие члены Комиссии. История с убийством Кирова требует дополнительного расследования. Свою точку зрения я подробно изложил в статье в газете «Правда» от 28 января 1991 года.
Августовский мятеж 1991 года и последовавшее за ним образование 15 независимых государств прервали процесс реабилитации. Осенью 1992 года я обратился к Президенту Ельцину с предложением о возобновлении реабилитации жертв политических репрессий — теперь уже в России. Просьба была поддержана. 2 декабря 1992 года президент издал Указ «Об образовании Комиссии при Президенте Российской Федерации по реабилитации жертв политических репрессий». Наконец-то Комиссия получила свободу действий на весь период советской власти. Надо сказать, что Борис Николаевич последовательно и постоянно поддерживал работу Комиссии, хорошо понимал эту проблему для российского общества.