Для выборов нового патриарха следовало созвать архиерейский собор, но власти не давали на это разрешения. Управление церковью перешло к патриаршему местоблюстителю, которым стал митрополит крутицкий Петр. Он занимал по отношению к обновленцам еще более непримиримую позицию, чем сам покойный патриарх. В июне 1925 г., когда обновленческое руководство активно готовило новый Поместный собор, Петр категорически запретил участвовать в нем последователям патриаршей церкви. Вследствие этого собор, состоявшийся в октябре того же года, представлял только обновленческую церковь. Несмотря на потери, понесенные в два предшествующих года, она все еще представляла из себя достаточно мощную организацию, включавшую 92 епархии. В ее ведении находилось 1650 церквей и несколько тысяч священников. Районами, где обновленчество сохранило сильные позиции, оставалась Средняя Азии, Северный Кавказ и Кубань. В России, наоборот, обновленческие храмы попадались лишь изредка (в Москве их было всего 7, в Ленинграде — 2), а в Сибири их не осталось вовсе. Многие обновленческие священники, лишившись своей паствы, которая предпочитала храмы традиционной церкви, бедствовали.
Впрочем, патриаршая церковь тоже переживала далеко не лучшие времена.