Особенно много споров вызвали вопросы о женатом епископате и отмене монашества.
В августе 1922 г. в Москве собрался I Всероссийский съезд белого духовенства «Живой церкви». Большинство делегатов согласилось, что иерархические должности должны перейти от черного духовенства к белому. После съезда от Живой церкви откололся Антонин Грановский, ратовавший за сохранение монашества. Он образовал группу «Церковное Возрождение». Осенью 1922 г. Введенский также покинул «Живую церковь» из-за несогласия с Красницким и возглавил конфессиональную группу «Союз общин древнеапостольской церкви». Впрочем, разногласия между тремя этими обновленческими обществами носили частный характер, и они выступали единым фронтом против «тихоновцев», то есть сторонников традиционной церкви.
В апреле — мае 1923 г. прошел второй поместный собор Русской православной церкви. Три четверти его делегатов составляли обновленцы. Собор объявил о низложении патриарха Тихона и ликвидации патриаршества, принял постановление о женатом епископате, допуске второбрачия духовенства, переходе на новый стиль.
Избранный на соборе Высший духовный совет в августе был преобразован в Священный Синод. Его председателем избрали московского митрополита Евдокима, но фактически руководителем и духовным вождем обновленческой церкви оставался Александр Введенский. Соборное постановление о женатом епископате позволило ему стать епископом Крутицким. (Торжественная хиротония протоирея Введенского в архиепископы Крутицкие состоялась 6 мая 1923 г. в храме Христа Спасителя.) Казалось, что с «тихоновской» необновленческой церковью покончено навсегда. Но тут неожиданное возвращение патриарха к руководству церковными делами смешало обновленцам все карты. В начале июня 1923 г. тот обратился в Верховный суд РСФСР с раскаянием, а затем через газету «Известие» призвал духовенство и верующих «являть примеры повиновения существующей гражданской власти в соответствии с заповедями Божиими». Это означало, что церковь отказывается от политики конфронтации с властями. 27 июня 1923 г. Верховный Суд РСФСР объявил об освобождении патриарха из-под ареста.
Переход митрополита Сергия в обновленчество смутил и соблазнил многих приверженцев патриарха, так что присоединение некоторых других епископов к лагерю раскольников часто связывали с его примером. В 1923 г. Сергия дважды арестовывали советские власти. Во время собора он также находился в заключении, и это избавило его от необходимости высказывать свое отношение к низложению Тихона. Второй Поместный собор стал временем наивысшего могущества обновленцев, когда они контролировали большинство российских епархий. Но едва патриарх оказался на свободе, как сразу началось их быстрое ослабление. Первым делом Тихон отменил все решения второго Поместного собора, а самих обновленцев, как раскольников, предал проклятию и отлучению. Большинство церковных иерархов поспешило тогда вернуться под его власть.
В августе 1923 г. Сергий, после 14-месячного пребывания в обновленческом расколе, также принес покаяние патриарху. Возвращение его в лоно православия стало заметным событием. Если покаяние других иерархов Тихон принимал в своей келье, то Сергия он заставил принести покаяние публично, что тот и сделал 27 августа 1923 г. В этот день праздновалось Успения Пречистой Богоматери. Сергий в простом монашеском клобуке вошел в церковь Донского монастыря, смиренно склонился перед патриархом, восседавшем на кафедре, и дрожащим от волнения голосом принес покаяние. Тихон принял Сергия милостиво и только слегка попенял за отступничество. «Ну, пускай другие отходят, тебе-то как не стыдно отходить от церкви и от меня», — сказал он и тут же троекратно с ним облобызался, надел на него архиерейский крест и панагию. После этого Сергий вместе с патриархом принял участие в божественной литургии. Спустя некоторое время он был назначен на кафедру в Нижний Новгород и включен в состав Синода.