В том же году состоялся съезд шотландского духовенства. Он принял в дело церковного правления обработанную Ноксом «Дисциплинарную книгу». Церковная реформа в Шотландии прошла по кальвинистскому образцу. Иерархия отменялась. Все пасторы считались равными. Управление в каждой общине переходило к выборной пресвитерии (церковному собранию), состоявшему из пасторов и мирян-старейшин.
Высшую власть в церкви должна была представлять Генеральная ассамблея, образованная на тех же началах. Орган, алтари, распятие, иконы, свечи, четки и другие символы католического богослужения безусловно отменялись. Новая церковь получила название пресвитерианской. Она заняла господствующее положение в южных и центральных графствах Шотландии. На севере страны, где Реформация свершилась скорее руками лордов, чем народа, перемены не были столь радикальными — здесь сохранились епископы, подчинившиеся в дальнейшем королевской власти.
После низвержения католичества, Ноксу было предоставлено первое проповедническое место в новой церкви — в Эдинбурге. Подобно Кальвину в Женеве, он повел упорную войну против легкости нравов в столице и всяких увеселений. Успехи его в этом направлении оказались скромнее, чем у его женевского собрата, но тому были свои причины. В 1561 г. в Шотландию после многолетнего отсутствия вернулась королева Мария Стюарт. Худшего соседства для Нокса трудно было вообразить. Мария была женщиной красивой и умной, но мелочной, чувственной и суетной. Она обожала светские удовольствия и не скрывала своих католических симпатий. Естественно, что Нокс сразу встал в оппозицию к молодой королеве. Вместо приветственной речи он встретил Марию памфлетом «Первый трубный звук против чудовищного управления царства женщин», в котором называл шотландскую королеву «новой Иезавелью».
Стараясь смягчить этого непримиримого старца, Мария пригласила его во дворец к обеденному столу. Однако Нокс отказался. «Приходите лучше в церковь послушать моих проповедей, если желаете обратиться на путь истинный», — отвечал он. Все свои проповеди Нокс отныне заканчивал одной и той же фразой, обращенной к народу: «Боже! Избави нас от тирании и блудницы!» Встречаясь с королевой, Нокс обычно обращался с ней цинично и грубо, читал ей в глаза наставления и часто доводил ее до болезненных припадков. Он был постоянным укором для веселого и далеко не безупречного (даже по понятиям католической морали) королевского двора.
Пишут, что, возвращаясь однажды из кабинета королевы, Нокс встретил множество роскошно одетых придворных дам и сказал им: «Как вы красивы теперь, а ведь будет время, когда тела ваши станут грязью, а нежные души окажутся в когтях чертей!» Эту и ей подобные выходки сурового кальвиниста придворным приходилось безропотно сносить.
В 1567 г., после низложения Марии Стюарт и бегства ее в Англию, власть в Шотландии перешла к ее малолетнему сыну Якову VI. Отношения Нокса с придворной партией не стали после этого лучше. В конце концов враги добились его удаления из Эдинбурга. Обратно на свой пост он вернулся только в 1572 г., незадолго до смерти. Говорят, что в последнюю минуту жизни, когда он уже не мог говорить, его спросили. «Надеетесь ли вы?» (Подразумевалось: на свое избранничество и спасение). В ответ Нокс поднял палец, указал им вверх и так скончался.
КАТОЛИЧЕСКАЯ ЦЕРКОВЬ И КОНТРРЕФОРМАЦИЯ