Присутствующие ответили утвердительно: Джон Нокс настоящий проповедник, если он и дальше будет хранить молчание, то к нему следует относиться, как к трусу, в час испытаний покинувшему свой пост. Этот суровый приговор потряс Нокса. Он встал со своего места и пытался оправдаться, но не смог произнести ни слова, — слезы хлынули у него ручьем, и он бросился вон их капеллы. Несколько дней после этого Нокс испытывал крайне тяжелое состояние он чувствовал, как ничтожны были его способности по сравнению с величием новой обязанности. Но постепенно он совладал со своей слабостью и стал для гарнизона замка истинным духовным отцом.
В конце концов, стесненные превосходящими силами противника, защитники Сент-Эндрюса должны были капитулировать. Вместе с другими пленниками Нокса сослали на французские галеры, перевозившие грузы по реке Луаре. Однажды какой-то офицер или священник поставил перед галерниками образ Богоматери и потребовал, чтобы они поклонились ему. Многие покорно исполнили это требование, но когда очередь дошла до Нокса, он воскликнул: «Матерь Божия, говорите вы? Нет, вовсе не Матерь Божия; это — кусок раскрашенного дерева, приспособленный скорее для того, чтобы плавать, чем для поклонения!» И он бросил икону в реку.
В 1548 г. по ходатайству английского короля Эдуарда VI Нокс был освобожден из плена и пробыл два года в качестве проповедника в Бервике, куда его назначило английское правительство. Он вполне мог добиться высокого положения в англиканской церкви, однако отклонял все выгодные предложения. Английская Реформация казалась ему совершенно недостаточной. Нокса возмущали бесчисленные пережитки католичества как в богослужении, так и в самом устройстве англиканской церкви. После того как престол перешел к сестре Эдуарда, Марии I, яростной католичке, Нокс в 1554 г. отправился в Женеву. Здесь он вступил в тесные сношения с Кальвином и впервые занялся систематическим изучением богословия.
Впрочем, даже кальвинизм представлялся Ноксу недостаточно чистой евангелической религией.
Между тем в Шотландии власть перешла к королеве-матери Марии Гиз. Стараясь добиться хороших отношений с протестантами, она позволила им вернуться из эмиграции. В 1555 г. Нокс возвратился в отечество и стал проповедовать кальвинизм. Бесстрашие, с которым он обличал католическое духовенство и сильных мира, казалось изумительным. В этом отношении он напоминал собой ветхозаветных пророков. Его отличали также нетерпимость и суровая приверженность к истине Господней. На всех, кто не признавал эту истину, он, подобно пророку, обрушивал беспощадный гнев. Введение Реформации Нокс начал с организации местных общин — конгрегации, где богослужение шло по кальвинистскому обряду. Каждый вступавший в общину давал обет не иметь ничего общего с римским идолопоклонством и строго соблюдать Слово Божие, хотя бы это стоило ему жизни.
Наблюдая за деятельностью Нокса, которая грозила ей полной потерей власти, Мария Гиз должна была вскоре отказаться от своей снисходительности. Гонения на протестантов возобновились. Нокс, осужденный как еретик, вынужден был во второй раз уехать из Шотландии. Обратно он вернулся только в 1559 г., когда взаимоотношения между католиками и протестантами обострились до предела. Страна стояла на грани гражданской войны. Для ее начала протестантам не хватало только вождя. С возвращением Нокса он у них появился. Этот человек был словно создан для того, чтобы проповедовать Реформацию. Он обладал железной волей, твердым характером и при всем этом был совершенно бесчувственен ко всему, что находилось вне его целей и стремлений. Отличаясь сухим и прямолинейным умом, чуждый всяким мистическим стремлениям, властный и нетерпимый, он всегда стремился только к одному — безусловному исполнению Слова Божия в том смысле, в каком он его понимал. Едва вступив на землю Шотландии, Нокс произнес в Перте страстную проповедь о грехе идолослужения. Тотчас после этой речи местные жители бросились разбивать статуи и архитектурные украшения в своем кафедральном соборе. Их примеру последовали шотландцы в соседних городах. Реформационное движение приняло характер народной революции.
Повсюду шло разрушение монастырей и аббатств. Через несколько дней мятеж распространился на большую часть государства. Множество церквей было опустошено, около 200 монастырей разрушено, повсюду отменялась католическая месса и вводилась литургия Эдуарда VI. Затем началась война с регентшей и католической партией. Протестанты одерживали одну победу за другой и наконец вынудили сторонников королевы, осажденных в Лейте, капитулировать. В июне 1560 г. Мария Гиз умерла. Собравшийся после этого шотландский парламент, к которому перешла реальная политическая власть, объявил об отмене верховенства Римского Папы над шотландской церковью, запретил отправление католической мессы и принял протестантское «Исповедание».