Первые шесть имамов, вплоть до Джафара ас-Садика, признаются подавляющим большинством шиитов. Этот имам был крупным теологом, его труды оказали большое влияние на позднейшую богословскую мысль. Так его примечания к Корану, частично дошедшие до нас, обнаруживают исключительно глубокое проникновение в мистические явления. Джафар, например, различал четыре аспекта Корана: выраженное (то есть буквальное значение) — для обычных людей; намеки — для избранных; прикосновения благодати — для святых и, наконец, реальности — для пророков. Таким образом, была намечена иерархия правоверных, отражающая степень их внутреннего знания и имевшая большое значение для позднейшего шиизма. Но вместе с тем Джафар стал причиной крупнейшего раскола в шиитском движении — после того как он, вопреки традиции, лишил права на имамат своего старшего сына Исмаила и провозгласил наследником младшего сына Мусу Казима, часть шиитов, получивших наименование исмаилитов, сочла этот акт незаконным, что и послужило причиной образования новой секты. Поскольку Исмаил умер раньше отца (около 760 г.) исмаилиты признали своим главой и седьмым имамом сына Исмаила Мухаммада. Он же считался у представителей этой секты последним «видимым» имамом. (В отличие от исмаилитов, большая часть шиитов почитает не семь, а двенадцать святых имамов. Двенадцатый — имам Мухаммад, родившийся в 873 г., таинственным образом исчез, когда был еще ребенком. Поскольку никто не видел его умершим, считается, что он взят Аллахом и должен появиться перед концом света в образе Махди, чтобы восстановить в мире справедливость.)
Некоторое время секта исмаилитов не имела большого влияния, а ее учение на протяжении ста лет не отличалось особой оригинальностью. Новый импульс ее деятельности дал в середине IX в. иранский проповедник Абдаллах ибн Маймун аль-Кеддах («Окулист»). Под влиянием своего отца, глазного врача, который всю жизнь с увлечением занимался алхимией, Кеддах уже в юности приобщился к тайным наукам.
По характеру он был человек ловкий и честолюбивый. Возглавив в 864 г. секту исмаилитов, Кеддах в короткий срок реформировал ее и придал ей замечательно хитрую и сложную организацию. Он же разработал принципиально новое вероучение, выделившее исмаилитов среди других течений шиитского ислама. В основе этого вероучения лежал догмат о «скрытом имаме». «Мир, — говорил Кеддах, — никогда не был лишен имама. Мир имел его во все времена. Не всегда только имам был виден людям. Он то являлся им, живя среди них, то скрывался и где-то таился до того времени, когда снова надлежало появиться среди людей. Исчезновение и появление имама в мире можно уподобить появлению и исчезновению света и тьмы в природе, то есть дню и ночи». Доктрина исмаилитов также делилась на «явную» и «скрытую». Существовала «внешняя», как бы официальная, доктрина и «внутренняя», тайная. Каждому пункту внешней доктрины соответствовал углубляющий его значение пункт внутренней. Внешняя доктрина мало чем отличалась от общего учения шиизма, кроме положения о седьмом имаме.
Внутренняя доктрина состояла из двух частей: аллегорического истолкования Корана и хака-ика — системы философии, содержащей в себе элементы иудейского и христианского вероучений, а также мистики и магии. Но, конечно, основу для хака-ика искали прежде всего в Коране. Кеддах говорил, что каждое слово Корана имеет двойной смысл — очевидный и скрытый, причем извлечение скрытого текста из явного не менее важно, чем открытие священного текста пророком.
Единым началом мироздания по внутренней доктрине исмаилитов являлся Всевышний Бог — Аллах. Он не имеет ни определенного образа, ни свойства, ни качества и вследствие этого совершенно непознаваем для людей. Молиться Ему нельзя. Аллах пребывает в состоянии вечного покоя и не может считаться непосредственным творцом мира. Процесс миротворчества, согласно учению Кеддаха, распадается на несколько этапов. Сначала Верховный Бог усилием воли выделил из Себя творящую субстанцию — Мировой Разум, Который является совершенным и обладает всеми атрибутами Бога. Этот Разум в идеальной форме содержал в себе весь план мироздания, но и он не был его творцом, а, в свою очередь, произвел из Себя вторую, низшую эманацию — Мировую Душу. Важнейший признак Души есть способность существования или жизнь. В силу этого свойства Мировая Душа пришла в движение и, стремясь к совершенству, выделила из Себя первичную материю, пространство и время. Первичная материя пассивна и не имеет творческого начала, поэтому сотворенные из нее землю, небесные сферы и живых тварей надо считать лишь грубыми подражаниями совершенным идеям Мирового Разума.
Человек появился на земле во исполнение определенного назначения, составляющего смысл его существования, а именно: человек должен воспринять «Божественную Истину», которая приносится ему пророками. Исмаилиты верили в переселение душ и полагали, что после смерти душа либо попадает в рай (это состояние толковалось как достижение совершенного познания) или в ад (где костенела в невежестве).