Йасриб из обычного селения стал для мусульман столицей пророка — Мадинат ан- Наби, в просторечии Мединой, и это название с тех пор закрепилось за ним навсегда. Свое возросшее могущество Мухаммад направил прежде всего против иудейских племен, издавна проживавших в Медине. В апреле 624 г. он призвал евреев из племени бану кайнука принять ислам. Когда те отказались, мусульмане осадили их квартал города. Через две недели кайнука сдались на милость победителя и должны были уйти из Медины. При разделе имущества высланных Мухаммад впервые воспользовался провозглашенным им правилом раздела добычи («и знайте, что если вы взяли что-то в добычу, то пятая часть — Аллаху и паломникам, и родственникам, и сиротам, и беднякам, и путнику…»). Эта пятина (хумс) предназначалась на нужды общины и отныне находилась в полном распоряжении пророка. Его материальное положение сразу улучшилось.
Еще в Мекке Мухаммад женился на Сауде. Теперь он взял себе в жены еще Аишу, дочь Абу-Бакра (ей было тогда 9 лет), Хафсу, дочь Умара, а потом — вдову Зайнаб бинт Хузайму. Позднее он взял себе еще пять жен. Но некоторые свидетельства говорят о том, что пророк не удовлетворялся и таким количеством женщин. Однажды Хафса застала Мухаммада со своей служанкой и возмущенно сказала. «Эй, посланник Аллаха! Что же это — в моем доме и на моей постели!» Тот ответил. «Молчи! Клянусь Аллахом, никогда не приближусь к ней, только никому не рассказывай об этом». Но Хафса рассказала о случившемся Аише, после чего о невоздержанности пророка узнали и другие. Мухаммад пытался развестись с Хафсой, но потом, что бы еще более не раздувать скандал, отказался от этой мысли.
Тем временем мекканцы помышляли о мести. Своим военачальником они сделали Суфайна, и тому удалось собрать войско, численность которого достигала 3000 человек. Эта армия в марте 625 г. двинулись на Медину. Мухаммад узнал о приходе врага лишь тогда, когда тот был в нескольких часах хода от оазиса, поэтому в войске мусульман едва было тысяча человек. Триста из них с Ибн Убайей ушли от пророка еще до начала сражения вскоре после того, как он покинул Медину. С остальными Мухаммад укрепился при Ухуде. В начавшемся сражении мусульмане сначала одержали верх. Они прорвали строй мекканцев и начали грабить их лагерь.
Заметив это, конница мекканцев врезалась в рассыпавшийся строй мусульман, которые, в свою очередь, обратились в бегство. Сам Мухаммад получил удар мечом по голове. Кровь из раны залила все его лицо, и на короткое время он лишился чувств. Это еще более усилило беспорядок — войско мусульман разбежалось, и мекканцы могли торжествовать полную победу.
Неудачи вне города приходилось компенсировать внутри него. Вскоре после возвращения из похода мусульмане изгнали из Медины второе еврейское племя бану надир, старейшины которого будто бы готовили покушение на пророка. Так же, как и в предыдущий раз, селение евреев было осаждено, и те сдались после трехнедельной осады. Всю захваченную землю Мухаммад разделил между своими соотечественниками-мекканцами, отправившимися за ним в изгнание (мухаджирами). Изгнанные бану надир не смирились сразу с потерей своих земель. Они начали хлопотать о соединении всех врагов Мухаммада и вскоре преуспели в этом деле. Первыми на их призыв откликнулись мекканцы, которые выставили на этот раз более 4000 воинов.
Союзниками их стали кочевые арабские племена, так что общая численность войска достигла 10 тысяч. Сборы такого большого числа воинов не могли остаться незамеченными. Мухаммад, заблаговременно обо всем узнавший, сумел собрать около 3000 человек. С наиболее доступной стороны на севере от Медины мусульмане вырыли ров длиной 6 км. На долю каждого мужчины был выделен участок в 40 локтей, причем пророк вырыл свою часть наравне со всеми. 31 марта 627 г. мекканцы подошли к Медине и приступили к ее осаде. Десять дней прошло в мелких стычках — противники нащупывали слабые места в обороне мединцев. Но те были начеку, и осаждавшие, так ничего и не добившись, отступили Мухаммад сразу после этого осадил селение третьего еврейского племени в Медине — курайза, которое вело изменнические переговоры с надира и едва не перешло на сторону врага. Через две недели те сдались. На этот раз с иудеями поступили гораздо жестче. Все мужчины были казнены, а женщины и дети обращены в рабов.