Острота теоретического противостояния с традиционной русской и западной немарксистской историографией, сложившегося вокруг развития и отстаивания Покровским принципов исторического материализма и классовой борьбы, требовали полемической остроты его работ, что вызвало ряд неоднозначностей.При этом Покровский предостерегал от грубых исторических аналогий. Многие историки подвергались осмеянию со стороны Покровского, в частности, за уподобление князей удельной Руси абсолютным монархам, Земского Собора буржуазному парламену, а воззрений членов Верховного тайного совета идеологии "левых" земцев конца XIX века. Учитывая критику со стороны других марксистских историков, в последние годы жизни Покровский признал некоторые недостатки исторических взглядов, изложенных в прежних работах, и попытался их усовершенствовать. В монографии «О русском феодализме, происхождении и характере самодержавия» (1931) он отказался от своего первоначального понимания «экономического материализма», выражавшегося в недооценке сферы производства и гиперболизации сферы обращения. Также он пересмотрел свои оценки народничества, Русской революции 1905-1907, ограниченную интерпретацию империализма в качестве только завоевательной политики, а также отошёл от тенденции к модернизации истории (в частности, признал несостоятельным свой тезис о буржуазном характере Пугачёвского восстания). Февральскую революцию 1917 он перестал называть началом социалистической революции, согласившись с определением её как буржуазно-демократической. В итоге, продолжая отмечать важность торгового капитала в становлении капитализма в России, Покровский прекратил использовать словосочетание «торговый капитализм», признавал, что царский абсолютизм был орудием не только торгового капитала и призвал уделить больше внимания творческой роли народных масс в историческом процессе.
Специалист в области истории развития общества и хозяйства России с древнейших времен, Покровский неоднократно представлял советскую науку на международных конгрессах и конференциях историков. С 1929 - академик АН СССР. Неоднократно избирался в состав ВЦИК и ЦИК СССР. Присутствовал на XVI съезде ВКП (б), на котором был избран в состав Президиума ЦКК ВКП (б).
С 1929 Михаил Николаевич Покровский был серьёзно болен раком. Скончался 10 апреля 1932 года в Москве. Был кремирован, прах помещён в урне в Кремлёвской стене на Красной площади в Москве.
Объясняя схематичность и противоречивость некоторых своих концепций, Михаил Николаевич Покровский писал: «Историки следующего поколения… сумеют, вероятно, понять и объяснить историческую неизбежность этих противоречий… Они признают, что уж кому-кому, а нам, работавшим в сверхдьявольской обстановке, нельзя ставить всякое лыко в строку… что, благодаря нам, им есть с чего начать». Тем не менее, надежды Покровского на дальнейшее развитие предложенных им исторических методов были перечёркнуты распространявшимся с середины 30-ых годов субъективными тенденциозными оценками его наследия. Посмертно в адрес Покровского были выдвинуты политические, околонаучные и научные обвинения в «вульгарном социологизме», «антимарксизме», «антипатриотизме» и «очернительстве истории России» причём теоретические претензии (за преувеличение роли торгового капитала в развитии царской России) отодвигались на задний план политическими обвинениями.
Беспрецедентная по своим масштабам кампания уничтожающей критики взглядов покойного учёного была начата в 1936. В условиях уничтожения оппозиции и установления собственной безраздельной личной власти Сталину было удобнее опереться на опыт имперской государственности, чем на идеалы русской революции. Новая этатистско-патриотическая концепция истории, утверждаемая генеральным секретарём в науке, давала оправдание и для установившейся авторитарно-бюрократической системы власти.