В XVII и XVIII столетиях вифлеемский храм и находящаяся под ним Святая пещера не раз были предметом ожесточенных споров латин с греками, о чем подробно повествует Патриарх Досифей в своей «Истории». О латинских кознях относительно вертепа он рассказывает между прочим следующее: «Во дни Патриарха Софрония (1579–1608) греческий кандиловжигатель в великую субботу, отходя в Иерусалим, по своему простодушию отдал ключи от пещеры франкскому кандиловжигателю на сохранение до своего возвращения. Но когда пришел и стал их у него требовать, то прочие франкские монахи не только не велели отдавать, но и ругали его как им было угодно и после, отнесясь к туркам и давши им денег, присвоили себе святую пещеру, которою и владели до Патриарха Феофана (1608–1645). Что же франки Патриарху Феофану сделали, – слышите: однажды он пришел в Вифлеем с христианами 24 декабря праздновать Рождество Христово. Франки, не пуская его в церковь, отвечали, что они еще обедают; отобедав же говорили, что тот, у кого ключи от дверей, отошел в Иерусалим. Итак Патриарх со скорбью возвратился в свой иерусалимский монастырь и объявил о сем приключении градским судиям. Немедля же за Патриархом и франки пришли в Иерусалим и просили пашу, дав ему много денег, чтобы он посадил Патриарха в тюрьму и умертвил его. За деньги паша заключил Патриарха в замке, называемом Давидовым. Узнав о сем, градские судьи пришли туда с военной силою и, освободив Патриарха из заключения, проводили его в монастырь. И он тогда из оного никуда не выходил. Франки, опасаясь, не уехал бы Патриарх тайно к султану жаловаться на них, снова просили пашу, дабы он приказал убить Патриарха. Феофан, известясь о сем, сокровенно вышел из монастыря в женской одежде и бежал из Иерусалима. Паша, услышав о его побеге, послал вслед за ним одного евнуха, дабы он догнавши его умертвил. Но сей посланный, настигнув Патриарха на Кармильской горе, поелику был христианского племени, пощадил и не убил его, однако взял с него сто червонцев выкупа»[74]. Патриарх сел на корабль и, приплыв в Царьград, вступил там опять в прение с франками, уже пред Диваном Порты. По силе древних хризовул, приобрел он законное свое достояние: всю Голгофу, камень помазания Господня и Святой Вертеп вифлеемский с южным притвором храма, на что и получил хаттешериф, т. е. собственноручное определение султана. Но и после этого приходилось сему Патриарху бороться с происками франков за обладание Святым Вертепом. Так он запечатан ими во время отсутствия Патриарха за сбором, пока наконец он не прибыл из Константинополя в Иерусалим в сопровождении султанского аги и был формально и торжественно введен во владение Святою пещерою. С тех пор около полувека они оставили в покое православных в Вифлееме. Патриарх Нектарий (1660–1669) устроил в соборном храме вифлеемском богатый иконостас, а преемник его Патриарх Досифей (1669–1707) в начале своего правления с большим трудом исходатайствовал фирман на обновление вифлеемского собора и совершил оное, несмотря на все препятствия от местных властей, делаемые по проискам латин и армян. Но в конце того же XVII столетия франки, пользуясь благоприятными для них политическими обстоятельствами (после Карловицкого мира), снова завладели Святым Вертепом и храмом. Тогда греки, вытесненные из главного святилища, устроили себе монастырь внутри бывшей колокольни, где устроили и малую церковь во имя Рождества Христова. Вифлеемский храм находился еще во владении франков в посещение его пешеходом Барским в 1724 году. Но в 1757 году, по прошению, поданному султану Осману Патриархом Святого Града Парфением, подкрепленному общею просьбою православных жителей Царьграда, само турецкое правительство возвратило грекам древние права их на владение Святыми местами, в том числе и всем вифлеемским собором, а в Святом Вертепе местом Рождества Христова, хотя впоследствии (в 1811 году) они и принуждены были допустить армян к участию в служении на месте Рождества Христова и уступить им северное крыло Вифлеемского храма.