Отец Никон непрестанно молился, моля Господа прислать ему откровение: суждено ли ему выздороветь, либо настали последние дни его земной жизни. Знамение вскоре последовало. Отец Никон получил письмо от одной из своих духовных дочерей, инокини Ирины (Бобковой). В письме она пересказывала недавний, поразивший ее сон. Во сне она видела, как старец Варсонофий пришел на квартиру отца Никона в Козельске и начал выносить вещи из комнаты, которую занимал отец Никон. Ирина с удивлением смотрела на это, но, когда старец Варсонофий взялся за кровать, не выдержала и спросила: «Батюшка, зачем же вы кровать выносите? Ведь отцу Никону негде будет спать». На это старец Варсонофий отвечал инокине: «Он собирается ко мне, и кровать ему не потребуется. Я там дам ему кровать». Отец Никон написал инокине, что, скорее всего, сон ее несет истину и ему суждено вскоре умереть. Ирина в ответном письме просила благословения старца на ее приезд, чтобы помочь ухаживать за ним во время болезни. Отец Никон послал ей свое благословение. В начале июня Ирина приехала к отцу Никону в ссылку и осталась ухаживать за ним до самых последних дней жизни старца.
Как-то старца посетила медсестра, милосердная и глубоко верующая женщина. Она предложила отцу Никону свою помощь. Отец Никон с благодарностью отказался, сказав, что инокиня Ирина ухаживает за ним как нельзя лучше. Перед уходом медсестра сказала Ирине: «За каким батюшкой ухаживаете! Счастливая вы! От него весь угол светится!»
Как вспоминала позже инокиня Ирина: «Батюшка очень страдал оттого, что легкие его сократились и ему нечем было дышать. В трудные минуты он метался, не находил места, то ляжет, то встанет: нечем, говорил, дышать, дайте воздуху, хоть чуточку воздуху! Просил положить на пол. Когда ему становилось легче, он тихо молился: „Господи, помоги, Господи, помилуй!" При повышенной температуре иногда бредил, вспоминал своих духовных детей, приводил их к покаянию, читал каноны, крестил воздух и очень часто вспоминал оптинского старца Макария».
За несколько дней до кончины отца Никона Ирина, как всегда, сидела возле его постели. Вдруг измученный болезнью старец просиял, улыбнулся и произнес: «Конечно, пройдите, пройдите. Вот какое посещение. Пришел наконец-то отец Макарий меня исповедовать, и ты даже не предлагаешь ему стул, чтобы сесть. Батюшка, вы не обижайтесь на нее, она неопытная. Сестра Ирина, выйди в ту половину, пока я исповедаюсь…» Ирина, выполнив просьбу отца Никона, ушла на другую половину дома, и хотя специально и не прислушивалась, до нее отчетливо доносились отдельные слова исповеди ее учителя старцу оптинскому, иеросхимонаху Макарию, давно почившему.
8 июля 1931 года отец Никон причастился, попросил прочитать канон на исход души и тихо скончался, «лицо его было спокойное, белое, приятное, улыбающееся».
Похороны состоялись на третий день после кончины отца Никона. За время пребывания его в ссылке многие из ссыльных узнали его как отзывчивого, достойнейшего пастыря. Самое удивительное, все они находились на лесоповале, вдалеке от села, в котором скончался отец Никон, но вдруг за несколько дней до похорон были отпущены с работ, что случалось крайне редко. Словно отец Никон ждал их на свои похороны, как будто на его погребение они были отпущены. Много народу собралось на похороны отца Никона. Одних священнослужителей двенадцать человек. Отпет и погребен старец был по монашескому чину.
Похоронен он на сельском кладбище в Валдокурье под Пинегой. Могила его затерялась.