Ему часто задавали вопрос о том, не близится ли конец света, не наступил ли приход Антихриста? Отец Никон всегда отвечал так: «О времени пришествия Антихриста никто не знает, как сказано в Евангелии. Но признаки скорого пришествия Антихриста уже есть – гонение на веру, и надо ожидать, время приближается, но все нельзя точно сказать. Бывали и раньше времена, когда считали, что Антихрист пришел, например при Петре Великом, а последствия показали, что мир еще существует. Да и что толку в этом исчислении? Для меня это не важно. Главное, чтобы совесть была чиста, надо твердо держаться веры Православной, заповеди исполнять, надо жизнь проводить нравственную, чтобы быть готовым. Надо пользоваться настоящим временем для исправления и покаяния».
Конечно, отец Никон в силу своей прозорливости понимал, что встал на путь мученичества, но проповедничество не прекращал. И неизбежное зло не минуло его.
В июне 1927 года старца Никона и отца Кирилла (Зленко) арестовали. Арест отец Никон принял как неизбежность, в тюрьму последовал спокойно и с достоинством. В Калужской тюрьме в общей камере вместе с уголовниками он провел полгода. Безропотно терпел издевательства и оскорбления сокамерников, проводя время в молитвах. В этих тяжелых условиях при малейшей возможности он писал письма своим духовным детям, ободряя их и вселяя в них надежду.
Через полгода Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило иеромонаха Никона к трем годам заключения с отбытием срока наказания в печально знаменитом уже в те годы СЛОНе (Соловецком лагере особого назначения).
Этап прибыл в город Кемь в марте 1928 года. Зима задержалась, лед еще не сошел, и сообщение с Соловками было прервано. Ссыльные остались в лагере «Кемперпункт». Отца Никона из-за слабого здоровья назначили сторожем, что позволило ему избежать смерти от каторжной работы. Даже оставались силы продолжать писать письма своим духовным детям, ожидающим его наставлений и утешений, как никогда ранее.
Вскоре отца Никона перевели в лагерь на Попов остров в Карелии. Там старца определил на работы в канцелярию. Это помогло ему отбыть срок ссылки и остаться в живых. После его определили на «вольную ссылку» в Архангельск.
Перед отправкой в места ссылки заключенные прошли медицинский осмотр, во время которого у отца Никона обнаружился туберкулез легких в очень запущенной форме. Врач настоятельно советовал старцу ходатайствовать у лагерного начальства о перемене места ссылки в города с более мягким климатом. Отец Никон попросил совета у отбывавшего вместе с ним срок отца Агапита. Тот посоветовал не противиться воле Божьей. Привыкший следовать послушанию, старец Никон смирился и со словами: «Воля Божия да совершается» – решил сам ничего не предпринимать и положился на волю Господа.
В июне 1930 года отец Никон и отец Агапит прибыли на поселение в Архангельск. Здесь отец Никон прожил совсем недолго – его перевели за двести двадцать километров от Архангельска, в поселок Пинегу. В самом поселке найти жилье не удалось, и тяжелобольной отец Никон долго скитался, пока ему не удалось снять угол у пожилой женщины в деревне Воепола в окрестностях Пинеги.
Хозяйка оказалась женщиной жадной и жестокой. Мало того, что она затребовала со ссыльного священника повышенную плату за постой, увидев, что монах тих и послушен, стала им бессовестно помыкать, требуя выполнения самых тяжелых работ по дому. Не обращая внимания на болезненное состояние отца Никона, она в лютые морозы гнала его таскать воду из колодца. Не умевший никому ни в чем отказывать отец Никон возил на санках воду, с трудом переставляя больные и распухшие ноги, колол дрова, чистил снег. Когда же он так разболелся, что не мог встать с кровати, хозяйка, пользуясь беззащитностью старца, прогнала его на улицу.
Идти отцу Никону было решительно не к кому, ссыльнопоселенцев принимали на постой неохотно. Да и кому нужен в доме больной туберкулезом? Хоть ложись в сугроб да помирай. Но именно в этот тяжелый момент вспомнились отцу Никону слова старца Варсонофия, которые тот говорил юному послушнику Николаю: «Господи, спаси раба Твоего Николая! Буди ему помощник! Защити его, когда он не будет иметь ни крова, ни приюта!..» Слова старца оказались пророческими – не было у отца Никона ни крова, ни приюта. Но Господь, словно услышав мольбы старца Варсонофия за отца Никона, не оставил в беде своего избранника. Его отыскал ссыльный оптинский иеродиакон Петр Драчев и перевез к себе на съемную квартиру в деревню Валдокурье. Отец Петр не только дал кров отцу Никону, но и стал сам ухаживать за больным.
В доме, в котором снимал квартиру отец Петр, отец Никон нашел последнее пристанище, был окружен заботой и сердечным теплом. Но болезнь была слишком запущена, здоровье сильно подорвано скитаниями и непосильной работой. Он настолько ослаб, что к концу мая уже не мог встать с постели, самостоятельно читать и писать. Отец Петр читал ему вслух письма и записывал под диктовку отца Никона ответы его духовным детям.