После получения «Заявления» Зиновьева, работниками сталинского секретариата были внесены изменения в уже утверждённое судом и врученное подсудимым обвинительное заключение, где говорилось, что главные обвиняемые свою вину не признали. Новый вариант обвинительного заключения был объявлен подсудимым и опубликован в печати лишь на второй день процесса. В этом варианте утверждалось, что в результате получения «новых данных» о существовании «подпольного Московского центра» дела по обвинению Зиновьева, Каменева и других лиц, осуждённых Особым совещанием к административной ссылке, были подвергнуты переследствию и переданы на рассмотрение Военной коллегии Верховного Суда СССР.
В обвинительном заключении и официальных сообщениях о процессе подчёркивалось, что «политически в антипартийном подполье слились в одну сплошную реакционную массу все контрреволюционные антипартийные группировки», среди которых самой опасной являлась зиновьевская группа, применявшая «все гнуснейшие средства из арсенала фашизма». Среди этих средств, однако, назывались только «злобная, враждебная критика важнейших мероприятий партии» и распространение «самой гнусной клеветы, „слухов“ и сплетен о руководстве партии». Поэтому выводы обвинительного заключения ограничивались казуистической формулировкой: «Следствием не установлено фактов, которые давали бы основание предъявить членам „Московского центра“ прямое обвинение в том, что они дали согласие или давали какие-либо указания по организации совершения террористического акта, направленного против т. Кирова. Но вся обстановка и весь характер деятельности подпольного контрреволюционного „Московского центра“ доказывают, что они знали о террористических настроениях членов этой группы (Ленинградского центра.— В. Р.) и разжигали эти настроения». На этом основании указывалось, что обвиняемые должны нести не только моральную и политическую ответственность, но и «ответственность по советским законам» «за последствия их подпольной террористической деятельности, толкнувшей на путь террористических выступлений их ленинградскую группу» [199].
В день опубликования обвинительного заключения Троцкий начал вести дневниковые записи по поводу процесса «московского центра», объединённые затем в статью «Дело Зиновьева, Каменева и др.». В ней он прежде всего обращал внимание на неувязки между процессами двух «центров». В обвинительном акте и приговоре по делу «ленинградского центра» ни единым словом не упоминалось о Зиновьеве и Каменеве, хотя к тому времени они были уже арестованы «в связи» с убийством Кирова и приговорены к административной ссылке. После суда над 14 ленинградцами и их расстрела казалось, что дело об убийстве Кирова завершено. «Но так могло казаться лишь тем, кто забыл о главной задаче всего предприятия: об амальгаме» [200].
Троцкий подчёркивал, что Зиновьева и Каменева «арестовали не почему-либо, а для чего-либо. Их арестовали для амальгамы, т. е. для установления связи между террористическим убийством и оппозицией, всякой вообще оппозицией, всякой вообще критикой, прошлой, настоящей и будущей». Отмечая, что решения о высылке Зиновьева и Каменева и о предании их военному суду отделены почти месяцем, Троцкий писал: «Получается такая картина, как если бы Зиновьева и Каменева подвергали пытке неизвестностью: „Мы вас можем оставить в партии, но мы можем вас и расстрелять“. Похоже на то, что Сталин чего-то домогается от Зиновьева и Каменева, играя на их не очень стойких нервах. Чего же он может домогаться? Очевидно, каких-либо „подходящих“, „нужных“, „полезных“ показаний. Зиновьев, Каменев и их друзья, поставленные под угрозу расстрела, должны помочь Сталину исправить и доделать ту амальгаму, которую жестоко скомпрометировал слишком медлительный консул» [201].
Из обвинительного заключения следовало, что от Каменева, Зиновьева и их сопроцессников не удалось добиться признаний в подстрекательстве к убийству Кирова. Им вменялось в вину участие в «контрреволюционной деятельности» вообще. «Что это значит, мы знаем хорошо,— писал Троцкий.— Контрреволюцией является всё то, что не совпадает с интересами, взглядами, зигзагами и предрассудками бюрократической верхушки». Что же касается того, в чём конкретно выражалась «контрреволюционная деятельность» Зиновьева и других, «мы, пожалуй, так и не узнаем. Вернее всего в том, что они в тесном кругу жаловались на Сталина, вспоминали „Завещание“ Ленина, ловили бюрократические слухи и мечтали о „настоящем“ партийном съезде, который сместит Сталина. Вряд ли было что-либо более серьёзное. Но они представляли ту опасность, что могли стать осью для недовольной Сталиным низшей и средней бюрократии. А в этой области верхушка не шутит» [202].