По словам Пономаренко, «Хрущев и Берия, особенно Хрущев, были недовольны таким решением и моим назначением, посчитав это «поражением Украины и НКВД»… Хрущев… расценил это как «унижение Украины» или «белорусский подкоп» под нее и даже санкционировал тогда некоторые сумасбродные и рискованные противодействия». С одобрения Хрущева «одним из руководителей партизанского движения на Украине Алексеем Федоровым была подготовлена, растиражирована и разбросана в ряде оккупированных районов листовка, в которой говорилось примерно следующее: «Я, батька всей Украины Алексей Федоров, провозглашаю себя главнокомандующим всеми партизанскими силами, требую, чтобы мне подчинялись, и мои приказы беспрекословно выполняли все партизанские соединения и отряды»… и т. д., и т. п.».
Подобное послание могло бы появиться во времена Гражданской войны от лица руководителя анархистских или «зеленых» формирований, и Пономаренко сначала решил, что эта листовка является фашистской фальшивкой. Очевидно, что Хрущев и его союзники, прикрываясь спецификой партизанской войны, пытались взять реванш за провал своих попыток установить контроль над партизанским движением всей страны. Правда, как вспоминал Пономаренко, история с листовкой Федорова была замята, а иначе «не сносить «дорогому Никите Сергеевичу» головы, не говоря уже о Федорове».
Вероятно, что отказ Сталина поддержать предложение Берии и Хрущева не в последнюю очередь был связан с тем, что в это время еще не остыли страсти после поражения советских войск в ходе Харьковской операции, инициатором которой был и Н.С. Хрущев. И Сталин всерьез продумывал вопрос о назначении П.К. Пономаренко Первым секретарем Компартии Украины. Именно по этой причине замечания Сталина о Хрущеве, высказанное в ходе дискуссии о состоянии культуры Украины в присутствии Пономаренко, вряд ли можно было считать случайным. Однако, как отмечал Пономаренко в беседе с писателем Аркадием Первенцевым, опубликованной в журнале «За семью печатями» в 2006 году, «…Маленков, Берия, Булганин сказали Сталину, что сейчас не время снимать Хрущева, идет война, сделать это нужно после войны. Сталин согласился, но неприязнь Никиты ко мне окрепла еще больше». Росли разногласия между Пономаренко и другими членами Политбюро, которые поддерживали Хрущева в этих спорах.
Война еще не кончилась, а у Пономаренко возник новый конфликт с руководителями страны. Пантелеймон Кондрать-евич вспоминал: «В августе 1944 года, примерно через месяц после освобождения Минска от немецко-фашистских захватчиков, позвонил Г.М. Маленков и сообщил мне, что имеется указание об образовании Полоцкой области с центром в г. Полоцке и что секретариат ЦК составил по этому поводу проект решения, который он хочет согласовать с ЦК КП(б) Белоруссии. Я ответил, что Центральный Комитет Компартии Белоруссии, как думается, не будет возражать и поддержит предложение об образовании Полоцкой области.
«Да, но Вы должны иметь в виду, — сказал Маленков, — что Полоцкая область будет образована в составе РСФСР и таким образом Полоцк и соответствующие районы отойдут из БССР в РСФСР». Это было для меня настолько неожиданным, что в первые минуты я не нашелся, что ответить. Чтобы исключить возможность возражений, Маленков добавил: «Не думаете же, Вы, что Полоцкой области в Российской Федерации будет хуже, чем в составе БССР?».
Я ответил, что, конечно, не думаю, но есть причины для возражений против такого решения и я хочу их обдумать, обсудить с товарищами, а затем сообщить наше мнение. На это Маленков ответил: «Обсуждать не следует, выезжайте в Москву».
14 августа Пономаренко прибыл в Кремль на совещание к Сталину. В ходе дискуссии Маленков сказал: «Пономаренко возражает против передачи Полоцкой области в состав РСФСР». Пономаренко вспоминал, что Сталин спросил его: «Почему? Вы считаете Полоцк исконным белорусским городом?»
Пономаренко, по его словам, «прежде всего, подчеркнул, что Полоцк принято считать старинным белорусским городом. Но это можно оспаривать, поскольку Полоцк существовал задолго до того времени, когда в силу исторических причин от одного могучего ствола, именовавшегося Русью, пошли три ветви: русская, украинская и белорусская. Следовательно, когда Полоцк называют старинным русским городом — это тоже правильно. Крайность в этих толкованиях отдает либо национализмом, либо великодержавным шовинизмом. Однако во все времена исторического существования Белоруссии Полоцк был в ее составе, включая и 25 лет существования Советской Белоруссии… Это первое».