Исполком Коминтерна направил компартиям письма, в которых указал, что вероломное нападение Германии на СССР является ударом не только против страны социализма, «но и против свободы и независимости всех народов мира. Поэтому защита советского народа является в то же время защитой порабощенных гитлеровцами народов, которым угрожает фашизм». Секретариат сформулировал задачи компартий разных стран — в зависимости от позиции правительств по отношению к гитлеровской Германии. Один из пунктов решения Секретариата гласил: «Срочно перестроить всю работу…, исходя из необходимости обеспечить всемерную помощь ВКП(б) и Советским органам».
Были проведены структурные изменения. Для непосредственного повседневного руководства работой ИККИ 22 июня 1941 года создана тройка в составе Г. Димитрова, Д. Мануильского и Эрколи (П. Тольятти); пересмотрен список «забронированных» работников ИККИ в целях направления всех военнообязанных в Красную армию, за исключением абсолютно необходимых для оперативной работы в ИККИ. Это коснулось и многих работников ИККИ, состоявших на специальном учете в войсках НКВД. Ряд из них впоследствии составил костяк Отдельной мотострелковой бригады особого назначения (ОМСБОН), о героических подвигах воинов которой хорошо известно.
Из бывшей Службы связи был выделен Первый отдел, который руководил нелегальной связью ИККИ с компартиями и отдельными пунктами связи за границей, занимался подготовкой опытных кадров радиооператоров и техников для заграничных пунктов связи ИККИ, организовывал нелегальные переброски людей и грузов за границу, обучение в школах ИККИ руководящих партийных работников «партийной технике», готовил работников для радиопунктов за границей, изготовлял для перебрасываемых за границу людей документы, радиоаппаратуру, рецепты тайнописи, разрабатывал инструкции по изготовлению штампов и печатей для подложных документов, по печатанию листовок и газет на гектографах, организовывал и направлял работу заграничных пунктов связи по сбору военно-политической информации.
После ввода в действие резервной радиостанции в Уфе, Первый отдел активизировал свою работу по обеспечению связи с компартиями по радио и через курьеров. Несмотря на провалы ряда пунктов связи, аресты радистов и шифровальщиков, выполнявших задания ИККИ во Франции, Швеции, Турции, Китае, Сингапуре, Первому отделу удалось восстановить часть радиоточек, открыть новые. Пять секторов отдела имели в своем ведении радиостанции и радиошколы в Уфе и под Москвой, занимались обеспечением курьеров и других командируемых работников компартий подложными документами, деньгами, а также шифрованием и микрофильмированием.
Сразу же после начала войны с новой силой возродились антифашистские настроения коминтерновцев и политических эмигрантов в СССР. Они просили отправить их на фронт или в фашистский тыл. Об этом Г. Димитров неоднократно информировал Г. Маленкова, Л. Мехлиса, Г. Жукова и других.
1 июля 1941 года Димитров направил В. Молотову и Л. Берии справку о наличии людей, которые могли быть незамедлительно переброшены в тыл врага.
11 июля Димитров писал Л. Берии и В. Меркулову, что в ИККИ подобрали, проверили и подготовили группы иностранных коммунистов для партийно-политической работы и организации партизанского движения в ряде стран.
«Товарищу Берия
Дорогой товарищ Берия!
Кроме наших людей, которых отбираем и отдаем т. Судоплатову и 5 Управлению РККА, мы подобрали, проверили и подготовили группы иностранных коммунистов для партийно-политической работы и организации партизанского движения в Германии, Польше, Венгрии, Прикарпатской Украине и в Болгарии.
Списки и справки на эти группы первой очереди отправили сегодня т. Меркулову. Немецкая группа — 11 человек, польская — 12, венгерская — 12, прикарпатско-украинская — 7 и болгарская 11 человек. Одновременно проверяем и подготовляем людей для групп в другие страны.
Очень прошу Вас сделать все зависящее от Вас, чтобы в кратчайший срок были отправлены представленные группы товарищей.
С товарищеским приветом (Г.Димитров). 11 июля 1941 г.».