После заключения советско-германского пакта о ненападении положение Коминтерна осложнилось. Многие коммунистические партии заняли оборонческую позицию, поддержали усилия своих правительств по оказанию сопротивления агрессору. «Мы встречаем
7 сентября 1939 года Сталин в беседе с Димитровым в присутствии Молотова и Жданова заявил: «Мы не прочь, чтобы они подрались хорошенько и ослабили друг друга. Неплохо, если руками Германии было расшатано положение богатейших капиталистических стран (в особенности Англии). Гитлер, сам этого не понимая и не желая, расшатывает, подрывает капиталистическую систему».
Сталин навязал Коммунистическому интернационалу решительный поворот стратегии и тактики. Коминтерн и компартии прекратили разоблачение угрозы фашизма, перенесли основное направление своей антивоенной деятельности на борьбу против своих правительств.
В ноябре 1939 года Исполком Коминтерна опубликовал воззвание, в котором была дана оценка международного положения, определены задачи компартий в связи с начавшейся Второй мировой войной, Она характеризовалась как империалистическая с обеих сторон, как несправедливая и реакционная, в которой «повинны все капиталистические правительства, и в первую очередь правящие классы государств». Главная задача компартий — сплотить народные массы и повести их на борьбу за восстановление национальной независимости — становилась все отчетливее после расширения фашистской агрессии, оккупации гитлеровской Германией стран Западной и Северной Европы.
Надо отметить, что в 1939-м— начале 1941 года сектор прессы ИККИ не направил в адрес иностранных компартий ни одной статьи против нацизма и фашизма. В то же время политическая референтура занималась «вопросами международного движения за мир, против войны и фашизма», так что подспудная антифашистская работа не прекращалась.
Но уже к концу 1940-го — началу 1941 года политика Коминтерна, основанная на указаниях Политбюро и лично Сталина, изменилась. Была поддержана борьба компартии США «против германского империализма»; политика французской компартии «в борьбе за национальное освобождение»; призыв австрийской компартии, назвавшей «постыдное нападение» Гитлера на Югославию «новым преступлением германского империализма» и призвавшей народ Австрии к борьбе «против своих тюремщиков».
После начала Второй мировой войны пункты Службы связи в зарубежных странах прекратили вербовку эмигрантов, которые оказались под усиленным надзором политической полиции в этих странах.
Несмотря на ряд провалов, продолжали действовать пункты связи в Праге, Брюсселе, Стамбуле, Шанхае и других городах. Парижский пункт связи после вступления немцев в столицу Франции был перенесен на юг страны. В Стокгольме была создана резервная точка радиосвязи на случай вынужденного закрытия радиостанций в Голландии и Франции. В 1939—1940 годах открылись пункты связи в Югославии, Мексике, Чили.
Была реорганизована курьерская служба Службы связи. Вместо постоянных курьеров стали применять практику разовых курьеров, которым ИККИ обеспечивал визы на въезд в СССР, а в случаях экстренной необходимости — из числа ответственных работников московского аппарата ИККИ.
Коминтерновская разведка находилась на высоте. В одной из папок Д. Мануильского периода войны сохранился довоенный документ, озаглавленный «Схема вопросов о войне против СССР», служивший по существу инструкцией для сбора развединформации.
Иной раз Коминтерну удавалось получить важные разведывательные данные. 15 сентября 1939 года Г. Димитров направил Л. Берии письмо:
«Дорогой товарищ Берия!
Приехавший китайский товарищ Чжоу Эн-Лай привез с собой три вида шифра, которыми пользуется японская армия. Эти шифры были захвачены 8 армией в боях с японцами.
Полагая, что указанные шифры могут представить интерес для Вас, посылаю Вам в приложении к этому письму.
С товарищеским приветом (Г. Димитров)
15.IX.39 Приложение: Три тетради с шифрами»
По каналам Коминтерна в 1941 году поступала информация о близящемся нападении Германии на СССР.