Естественно, что в 1999 г. американцы и их союзники подвергли мосты интенсивным бомбардировкам. При атаке мостов наиболее эффективны оказались управляемые авиабомбы с лазерными и тепловизионными головками самонаведения и созданные на их основе ракеты AGM-130, AGM-142 с такими же ГСН.
С 23 марта по 10 июня 1999 г. авиацией НАТО были разрушены или повреждены 82 моста, в том числе и те, что вели через Дунай. Из одиннадцати дунайских мостов семь были уничтожены или выведены из строя. На рассвете 1 апреля 1999 г. прямое попадание получил Варадинский мост между Нови-Садом и Петроварадином. Вся конструкция обрушилась в реку, завершив его более чем 53-летнюю историю (январь 1946 – апрель 1999 г.). Во время бомбардировки моста погиб молодой человек Олег Насов, а несколько окружающих объектов получили повреждения ударной волной.
3 апреля 1999 г. в 19 ч. 55 мин. целью для натовских бомбардировщиков стал мост Свободы между Нови-Садом и Сремска-Каменицей. Он получил повреждения в трёх местах, и движение транспорта по нему стало невозможным после менее чем 18 лет использования (октябрь 1981 г. – апрель 1999 г.). Полностью была разрушена средняя часть моста, а также пострадали въезды на него на обоих берегах реки. На момент взрыва на мосту было несколько машин и около десяти пешеходов. Семь человек получили ранения. Большую роль в спасении людей сыграл рыбак Велимир Теодорович, который оказался неподалеку.
Мост Жежеля между Нови-Садом и Петроварадином впервые подвергся ракетному обстрелу 5 апреля 1999 г. в 22 ч. 20 мин. Его мощная бетонная конструкция не получила значительных повреждений, поэтому дорожное движение удалось восстановить через несколько дней. Его снова бомбили 21 апреля в 2 ч. 30 мин., 22 апреля в 2 ч. 26 мин. и 24 апреля в 3 ч. 15 мин. Окончательно он был разрушен в результате пятого удара натовской авиации 26 апреля в 1 ч. 20 мин., и Нови-Сад остался без своего Бетонного моста спустя 38 лет после начала его эксплуатации (октябрь 1961 г. – апрель 1999 г.). Это означало, что железнодорожное сообщение между Белградом и Суботицей прервалось, а Нови-Сад лишился какой-либо сухопутной связи со Сремом.
Помимо трёх новисадских мишенью бомбардировщиков НАТО стали ещё четыре югославских моста через Дунай. Автомобильный мост между Бачка-Паланкой и Илоком (бывший мост 25 Мая) подвергся ракетным обстрелам дважды. В ходе первого, 4 апреля 1999 г., он не получил серьёзных повреждений. Гораздо более разрушительным был второй обстрел – 19 апреля, во время которого мост не был полностью разрушен, однако движение по нему стало невозможным, поэтому он был выведен из эксплуатации после почти 25 лет существования (с мая 1974 г. по апрель 1999 г.).
5 апреля железнодорожный и автомобильный мосты между Богоево и Эрдутом, также соединявшие Югославию и Хорватию, были серьезно повреждены натовской авиацией. Железнодорожный мост использовался 52 года, а автомобильный – менее 19 лет.
Дорожный мост между Ковином и Смедерево был выведен из строя 15 апреля в 22 ч. 58 мин., а мост между Бешкой и Ковилем обстреливался дважды. Впервые он попал под прицел 21 апреля, а 28 апреля, после второй бомбардировки, движение по нему прекратилось.
30 мая самолёты НАТО разбомбили мост через реку Великая Морава в Варварине. Было воскресенье, толпы людей шли на рынок или возвращались с только что закончившейся православной службы в честь Святой Троицы. Вскоре после полудня два низколетящих истребителя F-16 нанесли первый бомбовый удар с лазерным наведением по мосту, в результате чего три человека погибли и ещё пятеро получили тяжёлые ранения. Через несколько минут после первого удара, когда люди бросились к мосту, чтобы помочь раненым, были сброшены ещё две бомбы. В общей сложности 10 человек погибли и 17 получили тяжёлые ранения.
Теперь в Югославии оставалось только четыре переправы через Дунай. А если исключить мост между Безданом и Батиной на границе Югославии, Венгрии и Хорватии и дороги, проложенные по двум плотинам гидроэнергетической и транспортной системы Джердап, оставался только один дунайский мост, соединявший Белград и Панчево.
Особенно тяжёлой была ситуация в Нови-Саде, втором по величине городе СРЮ, оставшемся без всех своих мостов через Дунай. По этой причине 15 сентября 1999 г. в качестве временной меры была наведена понтонная переправа между Нови-Садом и Петроварадином для того, чтобы связать Бачку и Срем. Она должна была использоваться до момента постройки постоянного моста. Естественно, этот мост заблокировал движение судов.
Понятно, что помимо Югославии от разрушений мостов пострадали все государства Дунайского бассейна. В ходе бомбардировок полностью прекратилось сквозное движение по Дунаю.
Так, «Украинское Дунайское пароходство» понесло ущерб в 420 млн долларов, которые ему так никто и не возместил.
Выше разрушенных мостов у Нови-Сада было заблокировано 130 румынских судов.
Расчистка Дуная от упавших конструкций мостов завершилась лишь в 2002 г., а понтонный мост демонтировали в 2005 г.