1 января 1810 года Александр I учредил своим манифестом Государственный совет. Сперанский получил в этом органе, созданном для обсуждения всех частей управления «в главных их отношениях к законодательству», должность государственного секретаря. В ведении его оказалась вся проходившая через Государственный совет документация: он готовил бумаги к заседаниям, составлял доклады и отчеты для представления императору Александру. Выступавшая внешне обыкновенной канцелярской должностью функция государственного секретаря на практике приобретала исключительную важность. Современники сразу поняли это. «Великий и всемогущий Сперанский, главный секретарь империи и фактически первый министр» — так писал в одном из своих писем посланник королевства Сардинии в Петербурге граф Жозеф де Местр, и эти слова не были слишком большим преувеличением. Князь И. М. Долгоруков характеризовал в своих записках новое положение Сперанского следующими словами: «Тогда стали как блины выходить разные умозрительные и теоретические системы, которые, чем темнее были писаны, тем превосходнее казались. Надобно ли сказать, кто затирал всю эту брагу? Сперанский, сделавшись вдруг и открытым образом первым лицом в государственном управлении, приспособил к себе новую должность и наименован государственным секретарем, наподобие такого же во Франции, которого представлял Марет, ибо тогда все перенималось у Наполеона: и тактика, и судопроизводство, и хитрое искусство обмана. Новая должность сблизила более, нежели когда-нибудь, Сперанского с государем. Он совершенно овладел его помышлением, и тот не мог с ним расстаться. Не было дела, не было бумаги, которая, как через чистилище, не проходила руками Сперанского прежде обличения ее в юридическую форму. Канцелярия и образ производства дел в Совете так были устроены, что Сперанский как секретарь все видел, читал, подносил государю в кабинете, провозглашал в присутствии Совета и, наконец, выпускал в мир крещеный. Правою рукою его и главным сотрудником был Магницкий. В прочем все председатели и министры казались нулями и действительно не смели быть гласными буквами. Публика петербургская, старая и подлая рабыня, сперва пленилась обновкой, но, увидя тяжеловесную мочь Сперанского, задумалась и начала шептать, что все это худо, однако никто не смел говорить о том вслух, и под новым изречением, принятым в обычай, "вняв мнению Государственного совета", начал Сперанский выпускать именем государя свои пышные вымыслы в школярном слоге».
В течение трехлетия с 1809 по 1811 год М.М.Сперанский являлся самым влиятельным среди русских сановников лицом — по существу, вторым после императора человеком в Российской империи. С просьбами об устройстве различных дел к нему вынуждены были обращаться даже члены императорской фамилии. Однажды великая княгиня Екатерина Павловна попросила Сперанского о награждении чином коллежского асессора Бушмана, секретаря и библиотекаря своего мужа принца Георгия Ольденбургского. И Сперанский — подумать только! — отказал любимой сестре императора Александра I на том основании, что ее просьба противоречит действующему законодательству о гражданском чинопроизводстве. Граф Ростопчин, узнав об отказе Сперанского Екатерине Павловне, пришел в крайнее изумление, тут же перешедшее у него в раздражение. «Как смеет этот дрянной попович, — возмутился он в присутствии великой княгини, — отказывать сестре своего государя, когда должен был почитать за милость, что она обратилась к его посредничеству».
Воздействие Сперанского на ход государственных дел было в 1809–1811 годах почти всеобъемлющим. Оно распространялось на русскую администрацию и суд, финансы и законотворчество, сферу просвещения и культуры, внутреннюю политику и взаимоотношения России с другими государствами. Сперанский определял, если не прямо, то косвенно, назначения на должности, в том числе и высшие. Когда Александр I, поддавшись уговорам своей сестры — великой княгини Екатерины, решил в начале 1810 года назначить на пост министра народного просвещения Н. М. Карамзина, Сперанский отговорил государя от намерения сделать это и предложил назначить знаменитого историка сначала куратором Императорского Московского университета. Государь дал на это свое согласие, однако Николай Михайлович отказался от предложенной должности, посчитав ее слишком незначительной для своей персоны.
«Сперанский был совершенно исключительным явлением в нашей высшей администрации первой половины XIX века», — писал историк С. М. Середонин. С таким заявлением трудно не согласиться. Одно только перечисление сделанного Сперанским на поприще государственной службы заняло бы множество страниц. Для сколько-нибудь полного описания его государственной деятельности надобны многие тома. Среди разного рода дел, которыми занимался этот необычайно трудолюбивый и работоспособный человек в период с 1809 по 1811 год, главным была реформа политического строя России. Что бы он ни делал, все было так или иначе связано с его проектами государственных преобразований.