18 июля 1803 года император Александр утвердил всеподданнейший доклад В. П. Кочубея, в котором содержалось предложение о придании Департаменту Министерства внутренних дел помимо функции канцелярии также всех функций коллегий, находившихся под началом министра внутренних дел. В результате Первая и Третья экспедиции Департамента соединялись в одну — под названием «Экспедиция государственного хозяйства», которая заменяла собой Мануфактур-коллегию, Главную соляную контору и другие коллегиальные учреждения, ведавшие теми или иными отраслями государственного хозяйства. Вторая экспедиция получила наименование «Экспедиции государственного благоустройства». Четвертая экспедиция становилась третьей — под названием «Экспедиции государственной медицинской управы». Вторая и Третья экспедиции, в отличие от Первой, не брали пока на себя функций соответствующих коллегий и продолжали оставаться чисто канцелярскими подразделениями.
31 декабря 1803 года его величеством был одобрен всеподданнейший доклад министра внутренних дел, в котором излагался порядок преобразования Третьей и отчасти Второй экспедиций Департамента. В соответствии с ним Третья экспедиция брала на себя все дела Медицинской коллегии, ко Второй же отходили дела Приказа общественного призрения.
20 апреля 1806 года государь утвердил новое положение и штат Второй экспедиции, по которому она окончательно реорганизовывалась в такой же канцелярско-управленческий орган, каким являлась Первая. Сперанский, занимавший до этого должность директора Департамента, стал управляющим преобразованной Второй экспедиции, называвшейся «Экспедицией государственного благоустройства».
В течение всего времени работы Сперанского в Министерстве внутренних дел главной его задачей была подготовка проектов административных реформ и различных управленческих реорганизаций. Нередко заказчиком подобных проектов выступал сам император. Он поручал министру внутренних дел разработать тот или иной проект, а Кочубей в свою очередь переадресовывал это поручение своему подчиненному — Михаиле Сперанскому.
В 1803 году Александр I поручил Сперанскому через посредство В. П. Кочубея составить обширную записку об устройстве судебных и правительственных учреждений в России. Годом ранее (видимо, по собственной инициативе) Сперанский представил государю свои размышления о государственном устройстве Российской империи. Так завязывались личные отношения императора со способным чиновником, которые впоследствии перерастут в нечто, похожее на политический союз.
Кроме проектов различных нормативных актов, Михайло Михайлович составлял в рассматриваемое время также ежегодные всеподданнейшие отчеты министра внутренних дел императору Александру. С 1804 года они регулярно публиковались в «Санкт-Петербургском журнале» — официальном периодическом издании Министерства внутренних дел. Вместе с отчетами в данном журнале помещались различные официальные документы и статьи, которые также писал главным образом Сперанский. Его легкий, изящный стиль, простая, доступная всем форма изложения канцелярских документов находились в резком контрасте с распространенным тогда тяжелым, путаным, непонятным слогом официальных документов, доступным пониманию только их составителей.
Иван Иванович Дмитриев вспоминал два десятилетия спустя: «При учреждении министерств Сперанский перешел в Министерство внутренних дел и находился при министре оного, графе Кочубее. Он был у него самым способным и деятельным работником. Все проекты новых постановлений и ежегодные отчеты по министерству были им писаны. Последние имели не только достоинство новизны, но и, со стороны методического расположения, весьма редкого и поныне в наших приказных бумагах, исторического изложения по каждой части управления, по искусству в слоге могут послужить руководством и образцами». Другие чиновники — из тех, кто был поспособнее, — стали постепенно воспринимать стиль Сперанского. Так началось преобразование старого русского делового языка в новый, более совершенный.
В результате произошедшей жизненной перемены душевное состояние Сперанского решительно изменилось. Из разочарованного, болезненно скучавшего своими служебными занятиями, усталого человека он обратился в личность необыкновенно энергичную, увлеченную — все в нем ожило и засветилось, Ф. П. Лубяновскому довелось в это время служить рядом со Сперанским. Впоследствии он писал в своих мемуарах: «В исходе 1802 года я нашел его в Министерстве внутренних дел уже в числе знаменитостей молодого поколения по уму и витийству; таланты тогда были еще не так нередки, как нынче, по переизбытку излияния духа.
По этой славе, не быв подчинен, я сам искал подчиниться ему: надобно было изучать человека. В продолжение семи лет редкий день проходил без того, чтоб мы не виделись и не говорили о всем — о земном и неземном. Это время назову я весною Сперанского».